Inauguration de la nouvelle Plateforme de supercalcul à la Faculté de médecine

Le jeudi 30 juin, la Faculté de médecine de l’Université de Genève inaugure la nouvelle plateforme de supercalcul: elle se veut une extension de la plateforme VITAL-IT basée à l’Université de Lausanne dans le cadre de l’Institut Suisse de Bioinformatique, dirigée par le Prof. Ioannis Xenarios, et utilisée pour le calcul à haute performance dans les sciences de la vie. Ce projet à visée lémanique réunit l’UNIL, l’EPFL et l’UniGE. Il est coordonné par le Prof. Antoine Geissbuhler, Directeur du Département de Radiologie et informatique médicale de la Faculté de médecine de Genève.

A Genève, les domaines principaux d’utilisation concernent la génomique, qu’il s’agisse de la plateforme de génomique du NCCR "Frontiers in Genetics" (Dr Descombes), de la génomique des populations et traits complexes (Prof. Dermitzakis), de la génomique évolutionnaire (Prof. Zdobnov) ou de la génomique personnalisée (Prof. Antonarakis). La ferme de calcul a donc été optimisée pour répondre au mieux à ces besoins.

Cette ferme de calcul, basée à la Faculté de médecine, est financée par un subside "Réquip" du Fonds national suisse obtenu par l’Institut suisse de bioinformatique, et cofinancé par le rectorat ainsi que par le fonds de la Commission informatique de l'UNIGE et par les principaux utilisateurs de cette plateforme.

Cette infrastructure s’inscrit dans une logique de mise en réseau de fermes de calcul dédiées aux sciences de la vie et optimisées pour répondre aux besoins spécifiques des chercheurs de chaque institution. Ce réseau actuellement lémanique, appelé à s’étendre au delà des trois institutions initiales, va permettre de mieux répondre aux besoins locaux tout en mutualisant l’expertise technique et scientifique de VITAL-IT, nécessaire pour utiliser efficacement ces outils. Au plan matériel, il s’agit d’une ferme d’environ 1000 CPUs et de 200 Térabytes de stockage sur disque, ainsi que d’un système d’archivage. Les logiciels développés et implémentés par l’équipe technique de VITAL-IT y sont mis à disposition des chercheurs. Des formations pour l’utilisation optimale de ces ressources sont proposées.

Les défis à venir concernent l’augmentation exponentielle des besoins en calcul à haute performance et de capacité de stockage pour les sciences de la vie, besoins qui dépassent cette fameuse "loi de Moore" qui prédit l’évolution de la puissance des ordinateurs. Avec l’accroissement des puissances de calcul se posent les problèmes liés à la consommation électrique puis à la dissipation de la chaleur produite et donc la nécessité de créer de nouveaux centres de calcul pouvant héberger ces ordinateurs. La nature distribuée et mutualisée du réseau des fermes de calculs VITAL-IT va, par la flexibilité qu’il offre, en faciliter le développement. Il conviendra toutefois de renforcer les connexions entre les différents sites afin de permettre la circulation de quantités croissantes d’information.

Mais bien plus que ces enjeux techniques, la valeur de ce réseau VITAL-IT réside avant tout dans l’expertise humaine pour la gestion des infrastructures et des données, le développement et l’optimisation des algorithmes de calcul, et surtout le lien avec les métiers des chercheurs afin de mettre en œuvre les meilleurs outils possibles. C’est cette riche expertise qu’il va falloir continuer de développer.

VITAL-IT