En 1559 Jean Calvin fonde l’Académie de Genève, afin de former des étudiants pour l’Eglise et le gouvernement civil: «Avoir une seule et même ville pour mère de son savoir et de sa foi ».

Théodore de Bèze est le premier recteur de l’Académie.

Au siècle des Lumières, un enseignement des sciences, de la philosophie, de la physique, des mathématiques  est dispensé parallèlement  à l’enseignement du droit, de l’astronomie, de la botanique et de théologie.

L’Observatoire est construit par le professeur Mallet en 1773 puis reconstruit en 1831; il contribue au développement de l’étude scientifique de l’astronomie  étroitement liée à cette époque à l’horlogerie, principale activité de la ville. Ces bâtiments n’existent plus aujourd'hui. 

En 1861, le Grand Conseil affecte 280'000.- francs à la construction d’un bâtiment destiné aux études supérieures (Mémorial du Grand Conseil de 1861).

En 1866, le même conseil alloue un crédit de 7'000.- francs pour la mise au concours des bâtiments académiques.

Le budget pour ces constructions situées entre la promenade des Bastions Bourgeois et la rue du Polygone s'élevait à 700'000.- francs pour les bâtiments de l’Etat et à 800'000.- francs pour la bibliothèque, le musée et les collections. La première pierre du bâtiment a été posée en 1868.

En 1871, le  bâtiment central est construit dans le parc des Bastions.