2010

Deux pionniers de la protéomique à l'honneur

Le Prix Otto Naegeli pour la promotion de la recherche médicale récompense cette année les Professeurs Ruedi Aebersold (ETH Zurich et Université de Zurich) et Amos Bairoch (Université de Genève et SIB Institut suisse de bioinformatique). D’une valeur de 200’000 francs, ce prix est décerné tous les deux ans et représente une des distinctions scientifiques les plus prestigieuses de Suisse.

Otto Naegeli était une personnalité hors du commun. Né en 1871, il s’est très rapidement fait connaître par des études très originales dans le domaine des sciences du vivant. Il a fait parler de lui en découvrant que, si beaucoup d’individus sont infectés par la bactérie de la tuberculose, seulement un petit nombre tombe malade. Sa conclusion, selon laquelle le système immunitaire individuel jouait un rôle primordial, a tout d’abord suscité une grande indignation avant d’être confirmée. La recherche constante de nouvelles solutions par le biais de moyens et méthodes innovants caractérise également les deux lauréats du Prix de cette année.

Rechercher et quantifier les protéines hors norme

Ruedi Aebersold, professeur de génomique fonctionnelle à l’Université et à l’ETHZ et directeur de l’Institut de biologie des systèmes moléculaires dans cette dernière institution est un pionnier dans le domaine de la protéomique. La protéomique étudie l’ensemble des protéines, le protéome, contenues dans une cellule ou un organisme. Contrairement au génome qui est statique, le protéome est très dynamique et peut se modifier sous certaines conditions, telles que l’âge, les maladies ou des facteurs environnementaux. Par exemple, lorsqu’une chenille se transforme en papillon, le génome se conserve mais le protéome se modifie, ce qui se traduit par une nouvelle forme de vie.

Ruedi Aebersold a développé une série de méthodes analytiques et de modèles informatiques, qui ont permis d’identifier des protéines et de mesurer l’abondance de ces dernières dans les cellules. Il est l’inventeur d’une méthode, appelée Isotope Coded Affinity Tag (ICAT), qui emploie des isotopes stables pour le marquage des protéines. Parmi d’autres utilisations, Aebersold et son équipe utilisent cette méthode pour différencier la composition protéinique de cellules cancéreuses de celles de cellules saines ou pour démontrer d’autres modifications dans le protéome. La méthode permet en outre d’étudier systématiquement comment des cellules individuelles réagissent à certains stimuli et de déterminer quelles cellules comportent un taux anormal de certaines protéines. Non seulement cette innovation apporte une nouvelle compréhension des processus biochimiques, mais elle pourrait également conduire à de nouveaux outils de diagnostic pour les cancers et les maladies métaboliques.

Identification précoce du potentiel de la bioinformatique

Le professeur Amos Bairoch, directeur du Département de biologie structurale et bioinformatique de l’Université de Genève, et chef de groupe au SIB - Institut suisse de bioinformatique, est récompensé pour son travail exceptionnel dans le domaine de l’analyse des séquences des protéines et en particulier du développement de diverses ressources informatiques, bases de données et plateformes web, qui ont été mises à la disposition de la communauté scientifique d’une manière simple et exhaustive.

Lorsqu’il était doctorant, Amos Bairoch avait déjà su reconnaître toutes les possibilités que l’informatique pouvait offrir à la recherche en biologie. Il a d’abord développé des logiciels pour l’analyse de séquences de protéines, puis, en 1986, il s’est attelé à la construction de Swiss-Prot, une banque de données dédiée aux protéines. Depuis 24 ans, Swiss-Prot est dans le monde entier un instrument central et incontournable de la recherche dans les sciences de la vie. Amos Bairoch est l’un des co-fondateurs du SIB - Institut suisse de bioinformatique. Fondé en 1998, le SIB figure parmi les plus importants instituts de bioinformatique au monde. Constitué de 29 groupes de recherche et services, le SIB regroupe 400 collaborateurs qui font partie des meilleurs universités et instituts suisses.

En 2009, Bairoch s’est lancé dans un nouveau projet: CALIPHO (Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin), dont l’objectif est d’améliorer notre connaissance des protéines humaines en combinant la bioinformatique et les méthodes expérimentales.

Contact

Dr. Hans-Jürg Schürmann, président de la Fondation Otto Naegeli, tél. +41 44 285 11 11

29 avril 2010
  2010