2010

Rétrovirus: la connaissance de leurs points d’entrée dans l’ADN se précise

A la Faculté de médecine de l’Université de Genève (UNIGE), le laboratoire de Jeremy Luban vient d’achever une étude statistique d’une ampleur inédite sur la pénétration de rétrovirus dans l’ADN humain. Les acteurs de cette recherche ont ainsi pu définir, puis cartographier de manière très précise, les sites où trois rétrovirus différents viennent intégrer l’ADN cellulaire. A paraître dans le dernier numéro de la revue PLoS Computational Biology, les résultats de cette recherche laissent augurer des perspectives intéressantes pour les thérapies géniques, en rendant possible un ciblage thérapeutique inégalé, qui reposerait sur l’usage des rétrovirus comme porteurs des gènes réparateurs en des lieux précis du génome.

Une question travaille les scientifiques qui scrutent les rétrovirus comme autant de mines d’informations pour comprendre l’organisme humain : elle concerne la stratégie à laquelle répondraient les rétrovirus en pénétrant l’ADN cellulaire à tels endroits du génome plutôt qu’à tels autres. Les rétrovirus choisissent-ils une voie spécifique ou leur trajectoire résulte-t-elle du hasard ? Pour Federico Santoni, qui vient d’achever l’étude statistique des sites d’insertion qui est à ce jour la plus exhaustive jamais réalisée, l’hypothèse du hasard ne tient plus.

Les trajets de l’intégration : errances ou nécessités ?
Avec les trois milliards de nucléotides dont dispose un organisme humain, le champ que ce chercheur affilié au laboratoire de Jeremy Luban et à l’Institut suisse de bioinformatique (ISB) a arpenté était immense. Autant dire infini. Mais la bioinformatique permet à présent des synthèses qui paraissent invraisemblables pour la recherche d’il y a à peine une dizaine d’années. Ainsi réunies et méticuleusement classées, les données ont parlé pour les rétrovirus, révélant leurs cheminements à l’intérieur du noyau.

Virus et rétrovirus : parasites et pirates
Comme des parasites, les virus ont impérativement besoin de pénétrer une cellule hôte pour se multiplier. Leur mode de reproduction consiste à détourner une bonne partie de la machinerie cellulaire à leur profit. Les représentants d’une sous catégorie de virus, les rétrovirus, vont encore plus loin : ils intègrent leur propre information génétique directement dans le génome de leur hôte. Une des illustrations les plus frappantes du phénomène réside dans le pourcentage important du patrimoine génétique humain, quarante pour cent, qui résulterait d’intégrations successives de rétrovirus au cours de l’évolution. Cette proportion fait dire au prof. Jeremy Luban, du Département de microbiologie et médecine moléculaire de l’UNIGE, que « nous sommes tous des rétrovirus».

Affiner la prédictio n infectieuse
Publiée dans la dernière édition de la revue PLoS Computational Biology, l’étude s’est appuyée sur une technologie de haut vol pour répertorier les sites d’intégration de l’ADN cellulaire par des rétrovirus. Les observations que cette technologie a rendues possibles invitent à confirmer l’hypothèse du choix -ou de l’absence de hasard- présidant aux parcours rétroviraux. Des comparaisons ont été réalisées pour douze rétrovirus différents : pour trois rétrovirus relevant de la même famille (MLV, XMRV, et PERV), 75% des sites traversés ont été repérés.

Les spécialistes peuvent donc désormais connaître et projeter les trajectoires de ces rétrovirus. Au passage, ils sont parvenus à représenter ces parcours sous formes de figures originales, les « mandalas de projection génétique ». Cette représentation est sans aucun doute vouée à un bel avenir pour la prédiction des infections par les trois rétrovirus en question.

Contacts: prof. Jeremy Luban, au tél.: +41 22 379 57 20 ou Federico Santoni, au tél.: +41 22 379 54 74

23 novembre 2010
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