Isabelle Mili enseigne la didactique musicale depuis 1996 à la Faculté de psychologie et des sciences de l'éducation, à l'Université de Genève. En tant que professeur titulaire, elle dirige l'équipe de recherche DAM (Didactique des Arts et du Mouvement), dédiée aux arts visuels, à la musique, à la danse, au théâtre et à toutes les disciplines artistiques enseignées dans les écoles primaires et secondaires ainsi que dans les hautes écoles, académies de musique, écoles supérieures des arts appliqués et universités. Elle est directrice de l'Institut universitaire de formation des enseignants (IUFE).