Aspects microbiologiques et physico-chimiques de la colonne d’eau et le substrat sédimentaire d’un site fortement contaminé: cas de la baie de Vidy

Description : Les eaux de la baie de Vidy (Léman, Suisse) sont soumises de longue date à une pollution importante. Depuis 1964, la station d’épuration de Vidy collecte les eaux usées de la ville de Lausanne et ses communes attenantes. Une conduite rejette les eaux épurées dans la baie de Vidy (environ 1 à 3 m³/s). La conduite de l’exutoire a été prolongée en 2001. L'Institut F.-A. Forel a mis en évidence la présence d'un dépôt de sédiments fortement contaminés par des métaux, des nutriments et des substances organiques, déposés au large et de part et d'autre de l'exutoire de la STEP. Les plages entourant la baie continuent de souffrir d’une forte pollution bacterienne.

Les fortes concentrations de matière organique sont à l’origine de conditions réductrices à l’interface entre sédiments et colonne d’eau. Cet état se reflète dans la présence d’un tapis microbien. Les tapis microbiens, ou biofilms, se développent en général selon des gradients (vertical et horizontal) physico-chimiques.

Objectifs principaux de l’étude : 

• Identification et comparaison des communautés bactériennes vivant dans les sédiments pollués et non pollués de la baie de Vidy, en utilisant les techniques moléculaires. Phylogénie des micro-organismes se trouvant dans les sédiments.
• Evaluation de la distribution des bactéries pathogènes dans la colonne d’eau et les sédiments, en utilisant les bactéries indicatrices de contamination fécale, grâce aux techniques traditionnelles de culture.
• Importance de la survie et de la reproduction microbienne sur un substrat sédimentaire et identification des conditions de croissance.
• Mesure des paramètres physico-chimiques à l’interface entre sédiments et colonne d’eau.
• Mise en évidence des corrélations entre paramètres physico-chimiques et diversité microbiologique.
• Évaluation des changements dans la diversité des communautés microbiennes en relation avec la contamination en polluants et utilisation potentielle de ces communautés comme bio marqueur de la contamination.

Cadre/Financement : Institut F.-A. Forel, Université de Genève.

Collaborations : Instituto cantonale di microbiologia, Bellinzona et l'Université de Neuchâtel.

Direction et collaborateurs directement impliqués :  
Direction de thèse : Professeur Walter Wildi et Dr. John Poté (Université de Genève).
Co-Direction de thèse et collaboration : Professeur Raffaele Peduzzi, Dr. Mauro Tonolla (Instituto cantonale di microbiologia, Bellinzona) et Dr. Jakob Zopfi (Université de Neuchâtel).

Collaboratrice impliquée: Laurence HALLER