L'IHR offre des enseignements de plusieurs types, dont certains entrent dans le programme des  facultés de Lettres et de Théologie Outre les enseignements semestriels/annuels réguliers, citons

Le cours d'été, un élément particulièrement important de l'enseignement offert par l'IHR, qui met l'accent sur des problèmes d'ordre méthodologique. Cet enseignement est ouvert aux doctorants et post-doctorants en histoire, théologie, littérature et philosophie, et attire des participants de nombreux pays, permettant ainsi, en sus de l'enseignement proprement dit, des rencontres et des échanges fructueux.    

Le cours d'été peut aussi constituer un élément du module de Master offert par l'IHR.

Enfin, dès la prochaine rentrée, l'Institut offrira un certificat de spécialisation intitulé "L'Europe des Réformes: idées religieuses, culture et société, XVe-XVIIIe siècle". Les inscriptions sont déjà ouvertes (attention au délai). Nota bene: on ne peut pas s'inscrire pour le seul semestre de printemps; l'enseignement doit obligatoirement débuter avec le semestre d'hiver.