Le site de Cnossos se situe dans une région légèrement vallonnée, à 4 km de la mer. La cité intérieure, comprenant le palais et les maisons principales, était habitée de façon dense, sur une superficie de 1000 m x 600 m, mais les traces d'habitation s'étendent beaucoup plus loin, sur 1800 m x 1500 m. Les nécropoles particulièrement importantes s'étendaient sur les collines en direction de la mer, mais aussi vers l'est et le sud.