Le Rectorat est assisté de commissions consultatives permanentes ou temporaires. Ces commissions sont, en règle générale, présidées par le recteur ou les vice-recteurs. Les membres des commissions permanentes sont nommés par le Rectorat pour la période qui correspond à son mandat (juillet 2011-juillet 2015). Leurs membres sont choisis parmi les différents corps de l'Université mais le Rectorat peut également faire appel à des membres extérieurs. 

Commission administrative

Commission des bâtiments

Commission des bibliothèques

Commission de l'égalité

Commission de l'enseignement

Commission de la formation continue

Commission informatique

Commission de sécurité, santé et écologie au travail

Commission sociale

 Autre commission permanente

Coordination interfacultaire du conseil aux études