Le mandat de l'équipe a débuté le 15 juillet 1999, pour s'achever le 14 juillet 2003. Le rectorat a été assisté dans ses tâches par le secrétaire général, André Vifian, remplacé à son départ à la retraite en mai 2003 par Stéphane Berthet, et le directeur de l'administration, Laurent Pally.  

Maurice Bourquin, recteur	Vision générale, budget et relations extérieures
Erice Doelker, vice-recteur (dès mais 2000)	Bâtiments et logistique, ressources humaines, relations internationales et questions féminines
Jean Kellerhals, vice-recteur	Formation : de base, approfondie et continue, affaires estudiantines, relations avec les HES, la CUSO et les instituts universitaires
Jean-Dominique Vassalli,               vice-recteur	Recherche, transfert de technologies et de compétences, informatique et bibliothèques, communication
Claude Raffestin, vice-recteur         (jusqu'en février 2000)

• Programme de politique générale (450 Ko, )
• Rapport d'activités du rectorat : bilan et perspectives