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Le Rectorat est l’organe exécutif et dirigeant de l’Université. Il est responsable de la politique générale de l’Université, de la stratégie et de la planification pluriannuelle ainsi que des relations extérieures avec les autorités et les autres institutions d’enseignement et de recherche.

Le Conseil d'Etat a nommé, pour un second mandat, le professeur Jean-Dominique Vassalli au poste de recteur, du 15 juillet 2011 au 14 juillet 2015.

L'équipe du rectorat est composée des vice-rectrices Margareta Baddeley et Guillemette Bolens, et des vice-recteurs Yves Flückiger (entré en fonction en 2007) et Jean-Luc Veuthey (entré en fonction en janvier 2011). Cette équipe travaille en étroite collaboration avec le secrétaire général, Stéphane Berthet.