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Le Rectorat est l’organe exécutif et dirigeant de l’Université. Il est responsable de la politique générale de l’Université, de la stratégie et de la planification pluriannuelle ainsi que des relations extérieures avec les autorités et les autres institutions d’enseignement et de recherche.

Le Conseil d'Etat a nommé, pour un second mandat, le professeur Jean-Dominique Vassalli au poste de recteur, du 15 juillet 2011 au 14 juillet 2015.

L'équipe du rectorat est composée de la vice-rectrice Margareta Baddeley, des vice-recteurs Yves Flückiger (depuis juillet 2007), Jean-Luc Veuthey (depuis janvier 2011) et Denis Hochstrasser (entré en fonction en mars 2013). Cette équipe travaille en étroite collaboration avec le secrétaire général, Stéphane Berthet.

La professeure Guillemette Bolens a effectué un demi-mandat de vice-rectrice (de juillet 2011 à juillet 2013)