Grégoire Carasso travaille depuis août 2007 au rectorat, comme adjoint aux affaires académiques. Il est attaché au vice-recteur Yves Flückiger.

A ce titre, il suit les dossiers d'affaires académiques liés aux finances, au plan stratégique et à la convention d'objectif, aux relations internationales, à l'IHEID et aux HES.

De janvier 2013 à juillet 2014, il est détaché en qualité d’administrateur du Global Studies Institute (GSI).