Grégoire Carasso travaille depuis août 2007 au rectorat, comme adjoint aux affaires académiques. Il est actuellement remplacé dans cette fonction par Gary Vachicouras qui seconde le  vice-recteur Yves Flückiger.

A ce titre, il suit  les dossiers liés aux relations internationales, à l'IHEID et aux HES.

De janvier 2013 à juillet 2014, il est par ailleurs détaché en qualité d’administrateur du Global Studies Institute (GSI).