La Faculté des sciences vise l’excellence en matière de recherche. Avec quelque 4000 publications annuelles, elle peut se prévaloir d’une place choix parmi les institutions les plus réputées au niveau européen. Cette reconnaissance de qualité se manifeste, entre autres, par l'importance des crédits alloués par le Fonds national suisse de la recheche scientifique. Alors que l'Université de Genève est la principale bénéficiaire de ces subsides, la Faculté des sciences se distingue particulièrement, avec un montant de 22,5 millions de francs pour l'année 2001.

Cet objectif va de paire avec la mise en place de collaborations nationales, entre les hautes écoles de l’arc lémanique, et internationales.

Depuis 2001, la Faculté accueille deux Pôles de recherche nationaux