L'histoire du Département de science politique remonte à sa fondation en 1969 qui fait suite à la création de la première chaire de science politique à Genève, en 1959, confiée au Professeur Jean Meynaud, ancien Secrétaire général de la Fondation Nationale des Sciences Politiques à Paris et Professeur à l'Université de Lausanne dès 1957. Après le départ de Jean Meynaud de Genève et un court intérim, la charge de cet enseignement est attribuée à Dusan Sidjanski, privat-docent et auteur de la Dimension européenne de la science politique, en 1963. Les recherches entreprises aboutiront à cinq publications consacrées aux groupes de pression et de promotion dans la Communauté européenne, fruits d'une collaboration entre Genève et Lausanne (J. Meynaud et D. Sidjanski) ainsi qu'à la thèse de Paolo Urio sur l'Affaire des Mirages soutenue en 1969.

Dès lors, l'expansion de la science politique s'accélère. De nombreux professeurs invités apportent leur soutien au Département de science politique parmi lesquels figurent au premier chef Karl W. Deutsch, Ronald Inglehart, J. David Singer, Philippe Schmitter, Maurice Duverger, Harold K. Jacobson, Pierre Birnbaum. A cet apport extérieur s'ajoute l'accroissement d'enseignants et de chercheurs rassemblés autour d'un projet collectif soutenu par le Fonds national suisse de la recherche scientifique: la première enquête sur les attitudes et le comportement politique des Suisses réalisée sous la direction de Henry Kerr, chargé de recherches, PhD de l'Université de Michigan. Elle donnera lieu à la publication de l'ouvrage collectif intitulé Les Suisses et la politique (1975).

La réforme de fond de la licence ès sciences politiques en 1969 a marqué un tournant important dans l'optique de la science politique moderne. Elle a permis de renforcer les enseignements dans les domaines principaux de la science politique tels que la politique comparée, la science administrative, la théorie politique et les relations internationales.

Cette réforme a été complétée par la création d'un diplôme d'études supérieures en science politique en 1973. En 1984, une nouvelle réforme renforce encore le poids des enseignements de science politique (11 cours). En 1995, un système de crédits sur une base semestrielle est lancé avec l'introduction d'un tronc commun pour tous les étudiants de 1ère année de sciences sociales.

Plus récemment, le Département de science politique s'est lancé, en compagnie du reste de l'Université de Genève et des autres Universités suisses, dans la réforme de Bologne. C'est ainsi qu'à l'automne 2005 a été introduit le Baccalauréat en sciences politiques (Bachelor), programme d'études de trois ans qui, avec la Maîtrise en science politique (deux ans), remplace désormais la licence appelée à disparaître.

En parallèle se sont succédé des nominations de nouveaux professeurs ordinaires: Paolo Urio (1982-2005), Pierre Allan (1984), William Ossipow (1987-2008), Hanspeter Kriesi (1988-2002), Stefano Bartolini (1991-1994), Philippe Braillard (1992-2009), Thanh-Huyen Ballmer-Cao (1996-2010), Jan-Erik Lane (1996-2008), Pascal Sciarini (2005), Frédéric Varone (2006), Jonas Pontusson (2010) et Marco Giugni (2011) ainsi que des nominations de professeurs associés: Annabelle Lever (2010), Catherine De Vries (2011), René Schwok (2011) et Matteo Gianni (2011).

La direction du Département a été alternativement assumée par Dusan Sidjanski (1969-81), Charles Roig (1981-83), Paolo Urio (1983-89 et de juillet 2004 à septembre 2005), William Ossipow (1989-92), Pierre Allan (1992-96), Hanspeter Kriesi (1996-98), Jan-Erik Lane (1998-2000), Thanh-Huyen Ballmer-Cao (2001-2004), Pascal Sciarini (octobre 2005 - mi-janvier 2011) et Simon Hug (dès mi- janvier 2011).