À partir de la Troisième période intermédiaire, une nouvelle divinité fait son apparition dans le panthéon de Hout-sekhem : le dieu Néferhotep. Il est représenté sous la forme d’un personnage masculin coiffé d’une perruque ronde surmontée d’un pschent. Il peut aussi être représenté sous la forme d’un jeune dieu, tenu dans les bras d’un prêtre attaché à son culte, toujours coiffé du pschent (stèle Munich ÄS 40). Au cours du temps, Néferhotep va prendre une importance grandissante, jusqu’à devenir la divinité majeure de la ville. Toute une série d’autres divinités sont également attestées dans la documentation tardive : Oudjarenes - une prêtresse locale divinisée -, le fétiche-sekhem auguste, mais aussi Osiris, Isis et Nephthys, et toujours Hathor.

Les seuls vestiges encore en place actuellement dans le village datent de l’époque ptolémaïque ou romaine. Il s’agit surtout d’un kiosque situé dans la partie sud du village et d’un montant de la porte de l’enceinte qui clôturait probablement le temple de Néferhotep, tous deux d’époque ptolémaïque. À l’extérieur du village, au sud, un fort romain s’élevait en lisière du désert. Plusieurs éléments d’époque ptolémaïque et romaine y furent retrouvés par W.Fl. Petrie et appartenaient peut être à des temples inclus dans l’enceinte du fort. Des nécropoles antérieures et contemporaines sont situées aux alentours immédiats. Enfin, à l’intérieur du village, apparaît en plusieurs endroits un mur de très grandes dimensions fait de remplois de blocs ptolémaïques, dont la fonction et la date restent encore indéterminés.