Succès mondial pour ExPASy, le portail web consacré à l’analyse des protéines

ExPASy: Le portail qui valait un milliard

Un milliard, c’est le nombre total de connexions qu’a enregistré le portail ExPASy, un site web consacré à l’analyse des protéines et fondé en 1993 par deux professeurs de l’UNIGE. Aujourd'hui maintenu par l’Institut suisse de bioinformatique, ce portail est devenu une ressource essentielle pour la recherche scientifique internationale dans le domaine de la protéomique (l'étude des protéines).

Depuis de nombreuses années, les biologistes cherchent à comprendre le fonctionnement des différentes protéines et leurs rôles dans les processus nécessaires à la vie. Au gré des recherches menées, de plus en plus de données se sont accumulées. Il a donc fallu organiser cette énorme masse d’informations, pour la rendre disponible à l'ensemble de la communauté des chercheurs et ainsi faciliter leurs travaux. C’est alors que se sont créées les premières bases de données de protéines.

A l'origine, ces bases de données étaient stockées dans des livres et disponibles sur bande magnétique. Pionniers de la bioinformatique – une branche où l'informatique permet de résoudre des problèmes de biologie - Amos Bairoch et Ron Appel, tous deux professeurs à l'UNIGE, créent alors le site ExPASy (Expert Protein Analysis System) qui, en plus du stockage de données, fournit aux biologistes des outils leur permettant d'analyser les séquences des protéines, de les comparer entre elles pour, par exemple, connaître leurs fonctions dans un organisme, leur structure tridimensionnelle ou encore leurs propriétés.

En fonction depuis 14 ans, le site est sans cesse amélioré pour répondre aux besoins de la communauté scientifique. Avec 33 millions de connexions par mois actuellement, soit 13 personnes qui, à chaque seconde, accèdent au serveur, le site ExPASy - qui héberge la base de données Swiss-Prot - est aujourd'hui l'outil indispensable pour les biologistes du monde entier.

Deux questions à... Amos Bairoch, vous êtes l'un des fondateurs du portail ExPASy. Pourquoi ces ressources, si utiles et si utilisées, sont-elles mises à disposition gratuitement? Amos Bairoch: Par tradition, les banques de données en sciences de la vie sont gratuites, contrairement, par exemple, aux banques de données en chimie. Seules les banques très spécialisées sont payantes. Toutefois, en 1998, les financements reçus étant insuffisants pour couvrir les frais de fonctionnement, l'usage de la banque de données est devenu payant pour les industries. Pour éviter toute discrimination entre celles-ci, les USA ont apporté en 2003 les ressources financières nécessaires à l'ouverture complète. Pensez-vous que le principe de gratuité soit nécessaire à une telle banque de données? Une facturation des services fournis permettraient pourtant aux utilisateurs de se rendre compte que ces informations ont un coût. Rien qu'à Genève, le budget est de 7 millions de francs par année. Mais une facturation à l'utilisation est particulièrement difficile à réaliser et le payement d'un forfait annuel empêcherait, quant à lui, les petites entreprises ou les laboratoires modestes d'accéder aux données.

A lire:
Naissance d’une banque de données – Protéine à la "Une" - Août 2006
Bio-informatique - Wikipedia