La musicologie comprend des domaines d'études très divers par leurs approches et leurs objets spécifiques: l'histoire de la musique, les théories et notations, l'esthétique, la sociologie, l'analyse et l'épistémologie musicales, les problèmes philologiques liés aux sources et leur application dans l'édition, les études comparées de musiques d'origines diverses, extra-européennes et traditionnelles (ethnomusicologie), aussi bien que l'acoustique, l'organologie (histoire et facture des instruments de musique), et les applications de l'informatique dans le domaine musical. Tous ces domaines se greffent sur un tronc commun de connaissances fondamentales et mettent en oeuvre les facultés critiques d'investigation. Les études de musicologie visent, d'une part, l'acquisition d'un contenu - des connaissances historiques et techniques de base, des méthodes d'investigation - et d'autre part, le développement d'une réflexion critique.
Pour couvrir ce vaste champ d'étude, tant du point de vue historique que méthodologique, l'unité propose des enseignements structurés autour de deux chaires, l'une couvrant un champ d'étude allant de l'antiquité à l'époque classique et l'autre s'occupant des périodes plus récentes, jusqu'à la musique tout juste composée.
L'unité de musicologie propose 5 filières d'études:
- Un bachelor en musicologie couplé à une autre branche de la faculté des lettres;
- Un master en musicologie;
- Une filière doctorale (PhD);
- Un bachelor en "musique et musicologie" en partenariat avec la Haute Ecole de Musique de Genève;
- Un master en ethnomusicologie en partenariat avec l'Institut d'ethnologie de l'Université de Neuchâtel et la Haute Ecole de Musique de Genève.
L'unité de musicologie dispose d'une bibliothèque située à Battelle, un précieux outil de travail pour les étudiants et les collaborateurs. Plusieurs autres bibliothèques (bibliothèque musicale, bibliothèque du conservatoire, BGE) se trouvent à proximité.
Développés depuis de nombreuses années, plusieurs partenariats enrichissent le département grâce à des échanges d'enseignements, des filières communes ou des possibilités de stages pour les étudiants:
- Avec la Haute Ecole de Musique de Genève;
- Avec l'Université de Lausanne;
- Avec l'Institut d'ethnologie de l'Université de Neuchâtel;
- Avec la Radio et Télévision Suisse Romande, l'Orchestre de la Suisse Romande, le Grand Théâtre de Genève, Contrechamps, l'Orchestre de Chambre de Genève, la Bibliothèque Musicale de Genève, la Bibliothèque Cantonale et Universitaire de Lausanne, le Centre Metamedia à l’EPFL, la Phonothèque Nationale à Lugano, le Concours Clara Haskil, le Concours de Genève, le festival Archipel, etc., autant d'opportunités de stages pour les étudiants musicologues.