Membres

 

Groupe Chimie et Protéomique clinique (#270 Prof N. Vuilleumier), Département de médecine

Le groupe de chimie et protéomique clinique développe des projets de recherche transversaux avec pour but d’améliorer le diagnostic biologique, le pronostic et le suivi thérapeutique des maladies humaines en utilisant des outils protéomique et la spectrométrie de masse (MS). Le groupe conduit à la fois des projets de découverte et validation de nouveaux biomarqueurs et des projets de développement de méthodes d’analyse innovantes pour les laboratoires d’analyses médicaux. Nos travaux ont des applications dans des disciplines médicales variées : toxicologie clinique, maladies cardiovasculaires, oncologie et hématologie. Le groupe se compose de 21 personnes.

Groupe pharmaco-omiques et médecine de précision (#1003 Profs Daali – Samer) , Département d'anesthésiologie, pharmacologie et soins intensifs

Les travaux de recherche du groupe Samer-Daali s'attachent à personnaliser et sécuriser la thérapeutique médicamenteuse, par une approche de médecine personnalisée, en mesurant les interactions gènes-environnement-maladie au niveau pharmacocinétique (interactions médicamenteuses, prédiction in-vitro/in-vivo/in-silico) et en exploitant les avancées des diverses technologies -omiques, notamment de la pharmacogénomique.

Ils s’articulent autour de 3 thématiques principales :

- Développement et optimisation d’outils et de modèles pour des applications pharmacologiques et toxicologiques.

- Recherche de biomarqueurs « omiques » de sensibilité et d’exposition aux xénobiotiques.

- Outils d’aide à la décision informatisée et de sécurisation de la prescription.

Des collaborations sont en cours avec de nombreux groupes affiliés ou non au CITB, notamment le groupe Fontana-Reny via le Geneva Platelet Group (GPG), les groupes de protéomique, métabolomique et génomique des Facultés de Médecine et des Sciences (section des sciences pharmaceutiques).

Groupe Nephropathie chronique (#941 Prof De Seigneux), Département de médecine
L'insuffisance rénale chronique est une maladie fréquente et actuellement non réversible. Cette maladie est un problème de santé majeur. La progression de l'insuffisance rénale est mieux corrélée à l'atteinte tubulaire qu'à l'atteinte glomérulaire. Cette progression repose essentiellement sur une inflammation chronique et une fibrose progressive de l'interstitium rénal. Le projet du Dr Sophie de Seigneux soutenu par le FNS a pour but d'éclairer la relation entre les cellules tubulaires et la progression rénale et donc d'identifier de nouvelles cibles de traitement dans la progression de la maladie rénale chronique. Nous émettons l'hypothèse que les cellules tubulaires participent activement à la fibrose rénale par la production de radicaux libres, la consommation d'énergie et la réponse inflammatoire. Ce projet étudie particulièrement le rôle de la NADPH oxidase Nox4 dans ces processus. Par ailleurs, le rôle de la protéinurie sur les cellules tubulaires est également étudié, tant sur le transport que sur la progression de la maladie rénale.

Geneva Platelet Group (#13 Profs Fontana-Reny), Département de médecine

Le groupe de recherche des Professeurs Pierre Fontana et Jean-Luc Reny est l’entité fondatrice du Geneva Platelet Group (http://www.unige.ch/GenevaPlateletGroup/home.html) qui a pour thème de recherche la fonction plaquettaire et les médicaments antiplaquettaires. Le groupe en lui-même se compose de 5 personnes et collabore étroitement avec les groupes de Jean-Charles Sanchez pour la partie fondamentale, Daali-Samer pour la partie pharmacologie et l’équipe d’appui méthodologique des HUG (Thomas Pernegger).

Groupe de neuroprotéomique (#154 Prof Burkhard), Département des neurosciences cliniques
Le groupe de recherche du Professeur Pierre Burkhard s’intéresse aux mécanismes de la neurodégénérescence dans la maladie de Parkinson, tels qu’ils peuvent être approchés sous l’angle de la protéomique et grâce aux outils bioinformatiques et protéomiques développés au sein du département. Ces données pourraient permettre de développer dans le futur des biomarqueurs de cette affection, qui puissent être utilisés en clinique pour le diagnostic biologique de la maladie de Parkinson. Finalement, la démonstration de l’efficacité d’une approche «neuroprotéomique» des maladies neurodégénératives pourrait être utile pour l’étude d’autres affections du système nerveux central. Le Prof. Burkhard travaille étroitement avec d’autres groupes, illustrant l’importance des interactions étroites qui existent entre les membres du RI2TB. Le groupe est composé de 3 personnes.

Groupe de recherche translationnelle en biomarqueurs (#635 Prof Sanchez), Département de médecine
Le groupe de recherche du Professeur Jean-Charles Sanchez s’articule autour de 2 axes principaux intégrant les compétences de cliniciens, d’informaticiens, de statisticiens et de chercheurs en biologie, biochimie et chimie. L’axe de recherche métabolique fondamental vise à la découverte de nouveaux mécanismes moléculaires impliqués dans la glucotoxicité et le dysfonctionnement de la cellule ß. L’axe de recherche en neurobiologie translationnelle a comme objectif l’identification, le développement et l’implémentation de marqueurs diagnostiques et pronostiques de pathologies cérébrales tels que les accidents vasculaires cérébraux, les traumatismes crâniens et le stade cérébral de la Trypanosomiase humaine africaine. Ces projets sont étroitement liés à des collaborations avec des cliniciens des HUG (Pierre. Burkhard, Patrice Lalive, Roman Sztajzel, Nicolas Vuilleumier, Yvan Gasche, Bernhard Walder, Laszlo. Vutzkits, Karl Schaller, Pierre Fontana, Denis Hochstrasser, Jules Desmeules) et d'autres hôpitaux en Europe et en Afrique. Le groupe se compose de 20 personnes.

Groupe des biomarqueurs des maladies neurologiques inflammatoires (#843 Prof Lalive), Département de pathologie et immunologie - Département des neurosciences cliniques
Le groupe de recherche du prof. Patrice Lalive s’intéresse au domaine de la neuroimmunologie, qui comprend la SEP, les maladies démyélinisantes et inflammatoires apparentées touchant le système nerveux, la recherche et la validation de biomarqueurs biologiques, et l'étude du modèle animal de la SEP (l'encéphalite autoimmune expérimentale - EAE). Dans le domaine de l'EAE, le groupe étudie, à l'aide de souris transgéniques, les effets de modifications du profil inflammatoire sur le cours de la maladie. Un de leurs principaux intérêts consiste à étudier le rôle immunomodulateur du facteur de croissance hépatocytaire (hepatocyte growth factor - HGF), un facteur connu pour ses propriétés neuroprotectrices. Par l'utilisation de souris transgéniques, le groupe a récemment mis en évidence que l'HGF inhibe l'autoimmunité dirigée contre le système nerveux central (SNC) et prévient le développement de l'EAE et a pu démontrer que cet effet intervient via l'induction d'une tolérance des cellules dendritiques, par le développement de lymphocytes T régulateurs Foxp3+, ainsi que par la sécrétion de cytokines Th2. Les résultats suggèrent que, par la combinaison d'effets neuroprotecteurs et immunomodulateurs, HGF est un candidat prometteur pour le développement de nouveaux traitements des maladies autoimmunes démyélinisantes associées à une neurodégénérescence telle que la SEP. Dans le domaine de la SEP, le groupe cherche à mieux comprendre les mécanismes d'actions de plusieurs traitements immunorégulateurs incluant notamment l'acétate de glatiramère, l’acide fumarique et le natalizumab. Le groupe s’intéresse non seulement à la mise en évidence et à la validation de nouveaux biomarqueurs biologiques de la SEP et autres maladies inflammatoires du SNC, mais également, et tout particulièrement, à de nouvelles approches en protéomiques. Sur le plan clinique, le groupe participe à plusieurs études multicentriques, dont la cohorte suisse de SEP. Les études cliniques sont effectuées en étroite collaboration avec le centre de recherche clinique des HUG (CRC).

Groupe Thomas, Département de médecine communautaire, de premier recours et des urgences
Aurélien Thomas est professeur assistant au sein du Centre Universitaire Romand de Médecine Légale (CURML). Il s’intéresse au développement et à l’application d’approches "omics" innovantes visant à étudier les perturbations et les réponses moléculaires induites lors de pathologies, notamment dans les domaines forensiques et cliniques. Son groupe, intégré dans l’UTCF, développe et contribue à de nombreux projets multidisciplinaires basés sur d’étroites collaborations entre cliniciens, chimistes, biologistes ou encore bioinformaticiens, en Suisse mais aussi à l’étranger. Parmi ses projets de recherche, le groupe étudie notamment les modifications de certaines voies de signalisation jouant un rôle causal dans l'apparition de l'inflammation du tissu adipeux. Il s’intéresse également à la recherche de signatures moléculaires d’intérêt en sciences forensiques. Le groupe se compose de 8 personnes. 

Plateforme génomique iGE3, Facultés de médecine et des sciences
Sous la coordination de Mylène Docquier, ce laboratoire met à disposition les technologies de pointe en génomique que sont le séquençage à haut débit, les microarrays, le nCounter (pour une détection digitale des molécules d’acides nucléiques) ainsi que la PCR Quantitative et Digitale. Dans le cadre de son intégration au CITB, le laboratoire propose d’apporter ses services pour l’identification et la quantification de biomarqueurs (mRNA,  lncRNA, miRNA), le génotypage d’individus notamment en pharmacogénomique mais aussi la détection de variants rares. Toute autre application même si elle doit nécessiter un développement particulier est bien entendu possible. La plateforme a déjà collaboré avec plusieurs membres du CITB (Youssef Daali, Pierre Fontana - Jean-Louis Reny, Aurélien Thomas, Sophie De Seigneux, Pierre Burkhard et Jean-Charles Sanchez). Le groupe se compose de 8 personnes dont deux bioinformaticiens.

Plateforme Protéomique, Faculté de Médecine
La plateforme protéomique, sous la coordination d’Alexandre Hainard, dispose de l’infrastructure nécessaire à l’identification, la caractérisation et la quantification de protéines par des approches basées sur la spectrométrie de masse. La mission de la plateforme protéomique est d’assister les chercheurs en leur fournissant une large palette de services protéomique, allant de la simple identification de protéines à la découverte de biomarqueurs dans des matrices biologiques complexes. La plateforme protéomique a une grande expertise dans les approches quantitatives par marquage isobarique et dispose de spectromètres de masse de dernière génération ainsi que des outils bioinformatiques nécessaires à l’analyse de données. La plateforme se compose de 3 personnes.

Groupes de recherche invités

Groupe Rudaz, Faculté des sciences, Section des sciences pharmaceutiques:
Serge Rudaz a étudié la pharmacie à Genève, où il a obtenu son doctorat en 1997 avec le professeur Jean-Luc Veuthey. Plus tard, il a rejoint le groupe du professeur Salvatore. Fanali au Centre national de recherches à Rome (Italie) pour un post-doctorat concernant l'application de l'électrophorèse capillaire (CE) couplée à la spectrométrie de masse (MS) pour la séparation chirale dans les fluides biologiques. De 1998 à 2011, il était Maître d'Enseignement et de Recherche (MER) à l'Université de Genève, où il a développé de nouvelles stratégies pour les analyses métabolomiques non ciblées. Depuis 2010, il est directeur du groupe de chimie analytique des produits pharmaceutiques à l’Ecole de pharmacie Genève-Lausanne. Serge Rudaz a été promu professeur agrégé à l'Université de Genève en 2012. Le groupe se compose de 12 personnes.

Groupe Wolfender, Faculté des sciences, Section des sciences pharmaceutiques
Le groupe de recherche du Prof. Jean-Luc Wolfender a toujours travaillé sur l’identification de métabolites secondaires naturels bioactifs par des méthodes de résonnance magnétique nucléaire (RMN) et MS. Des stratégies ont notamment été développées pour la dé-réplication de ces composés en ligne dans des matrices biologiques très complexes par des méthodes de chromatographie liquide couplées à la MS et RMN. Depuis plusieurs années le groupe a des activités de recherche en métabolomique, notamment pour rechercher des biomarqueurs de signalisation de défense présents à l’état de traces dans les végétaux et les micro-organismes. Des méthodes d’isolement ciblées par LC-MS de ces biomarqueurs à l’échelle du microgramme permettent une identification non ambigüe de composés non reportés dans les bases de donnée avec une approche de type microRMN. Ces recherches métabolomique se font en collaboration étroite avec le groupe de Serge Rudaz pour le traitement des données. Le Prof. Jean-Luc Wolfender a depuis plus de trois ans une collaboration avec un institut de médecine translationnelle clinique aux Etats-Unis (Southeast Center for Integrated Metabolomics Clinical and Translational Science Institute) où il est enseignant et consultant pour les aspects d’identification de biomarqueurs. Le groupe se compose de 20 personnes.