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SmartLab: le suivi des activités de laboratoire passe au numérique


La Faculté de médecine a lancé à la fin de l’année dernière le projet SmartLab, qui vise à déployer dans ses laboratoires de recherche un outil électronique de suivi des activités de laboratoire. Eclairage avec Coralie Fournier, mandatée par le Décanat de la Faculté de médecine pour mener à bien ce projet, en coordination avec la professeure Martine Collart, vice-doyenne en charge de la médecine fondamentale et répondante aca-démique pour SmartLab.


En quoi consiste SmartLab?
Coralie Fournier: Les équipes de laboratoire doivent au quotidien noter toutes sortes d’informations: observations d’expériences, quels échantillons sont utilisés, toutes ces petites choses qui sont importantes pour le suivi d’expériences qui peuvent, au final, durer des mois, voire des années. Pour le moment, la plupart des équipes utilisent encore des cahiers et des crayons. Cela a l’avantage de la simplicité, mais les outils numériques présentent beaucoup d’autres avantages et peuvent grandement faciliter la vie quotidienne des laboratoires.


On parle de plus en plus d’«Electronic Laboratory Notebooks» (ELN), ou de «Laboratory Information Management Systems» (LIMS). Est-ce la même chose?
CF: Les ELN sont peu ou prou la version électronique des traditionnels cahiers de labo. Les LIMS offrent quant à eux des fonctionnalités plus perfectionnées, notamment des moteurs de recherche internes ou des outils de traçabilité des échantillons, afin par exemple de retrouver en quelques clics où se trouve tel échantillon et quand tel autre a été utilisé lors des derniers mois. Cela est important non seulement en termes pratiques, mais aussi en termes légaux et éthiques, afin de remplir nos obligations de traçabilité de la recherche. Suite aux évaluations d’un groupe de travail et aux tests menés par des laboratoires pilotes des sections de médecine fondamentale et de médecine clinique, le choix de l’UNIGE s’est porté sur l’outil eLAB JOURNAL de la compagnie Eppendorf.

Qu’est-ce qui a motivé ce projet?
CF: L’intérêt pour ce genre d’outils va grandissant depuis 5 ou 6 ans; c’est devenu aujourd’hui une nécessité. Le FNS demande en effet systématiquement un data management plan et ces outils de suivi peuvent aider à remplir ces obligations de manière efficace. Si SmartLab est le premier projet de ce type mené à l’UNIGE, d’autres institutions se lancent dans la même réflexion. L’EPFL a pris, de son côté, une belle avance et dispose d’un service entier dédié à la customisation de leur outil et à la formation des équipes de recherche. Et l’intérêt pour les ELN et LIMS ne se limite pas au monde académique: l’industrie pharmaceutique, et plus largement la recherche privée, suit le même mouvement.

A la Faculté de médecine, notre idée est aussi de promouvoir une standardisation des procédures et des outils afin de garantir une qualité constante en la matière, entre les laboratoires, mais aussi au sein d’un même laboratoire. Des projets de recherche peuvent en effet durer des années, avec des changements au sein des équipes, et ces outils permettent d’assurer un suivi et une qualité constante sous le même format.

Lors de la publication d’un article, les auteurs doivent donner accès à l’ensemble de leurs données. Ces outils peuvent-ils permettre de le faire de manière rapide et efficace?
CF:
Cela ressort en effet de la même démarche. L’UNIGE a récemment mis en place le système YARETA qui permet la conservation et l’archivage des données brutes pour pouvoir les mettre à disposition lors de la publication de résultats de recherche. Notre outil se situe en amont et permet l’extraction facilitée des données brutes pour leur mise à disposition dans YARETA. Là aussi, on gagne du temps!

Avez-vous déjà un calendrier de déploiement?
CF: Les laboratoires membres du groupe pilote ayant participé à la définition du système seront les premiers à tester l’outil en conditions réelles, puis il sera déployé dans tous les laboratoires qui en feront la demande. Suivront ensuite les laboratoires intéressés des autres facultés, comme par exemple la Faculté des sciences.

Si l’outil a une base identique, il peut néanmoins être adapté aux demandes spécifiques de chacune et chacun. Un accompagnement en plusieurs étapes est donc prévu: définition des besoins, adaptation de l’outil en fonction des demandes, puis mise en oeuvre et formation au sein du laboratoire. De plus, je prévois d’organiser une session de formation dans le cadre de la PhD School of Life Science afin de sensibiliser les doctorantes et doctorants à l’usage d’un tel outil.