Dépistage-Diagnostic sérologique-Dépistage variants
A. Dépistages, stratégie
Oui, clairement, dans un intérêt de santé publique. Les données actuelles montrent qu'on ne teste pas assez. Les personnes doivent savoir si elles ont la COVID-19 ou non afin de rester chez elles et d'éviter tout contact durant la période d'isolement. C'est la seule manière de freiner la propagation de façon ciblée.
La COVID-19 peut se manifester par des symptômes variés, par exemple de simples IVRS. Qu'on soit vacciné ou non, se faire tester est important.
La stratégie de test reste la même chez les vaccinés et non vaccinés ; un test Ag peut être réalisé<4 jours après le début des symptômes. Si les symptômes durent depuis 4 jours ou plus de 4 jours, on favorise une PCR. La PCR est également favorisée si la personne qui se teste est un-e professionnel-le de la santé en contact avec des personnes vulnérables, une personne vulnérable ou un enfant âgé de moins de 12 ans.
Toute personne symptomatique, qu’elle soit vaccinée ou non, doit être testée pour le SARS-CoV-2. Tous les tests antigéniques positifs doivent être confirmés par une PCR.
L’objectif est double :
- offrir au patient un traitement approprié
- prendre les mesures nécessaires pour éviter la transmission du virus et donc la poursuite de la pandémie.
Oui, tout patient présentant des symptômes compatibles avec un COVID doit être testé pour le SARS-CoV-2. On vise >1% de positivité, il faut donc tester au moins 99 personnes qui auront un résultat négatif pour contrôler au mieux la circulation virale. Ces tests sont et restent gratuits.
Les tests sérologiques rapides au bout du doigt ne sont pas pris en compte pour mettre en évidence une infection passée, notamment en raison de leurs performances très différentes, ainsi que de leur cible qui n’est pas toujours clairement indiquée. Ils sont uniquement utilisés dans certains cas très particuliers et contrôlés, par exemple pour décider rapidement de la nécessité d’administrer un traitement.
En cas de probabilité haute de COVID (symptômes et/ou exposition), les tests PCR par prélèvement salivaire sont recommandées pour les enfants de moins de 12 ans et pour ceux qui ont une contre-indication au frottis nasopharyngé. Pour les autres situations (tests PCR poolés dans le cadre professionnel ou de tests individuels de confort), les tests PCR par prélèvement salivaire sont tout à fait possibles. Les tests rapides antigéniques ne peuvent toutefois pas être réalisés sur un prélèvement salivaire. Il est donc juste qu’un adulte ayant des symptômes, par exemple doit avoir un test nasopharyngé (PCR ou antigénique rapide) sauf s’il a un certificat attestant d’une contre-indication à cette méthode.
Les personnes vaccinées symptomatiques sont tout autant encouragées de se faire tester que les personnes non vaccinées symptomatiques.
B. Testing: frottis/PCR/tests antigéniques/auto-tests/frottis salivaires
Non, la rhinite ou des éternuements incessants inhabituels ou un mal de gorge suffisent pour compter comme symptômes motivant une PCR.
Les données actuelles sont insuffisantes pour conclure, mais certains indices tendraient à montrer une présence virale Omicron plus importante dans l'oropharynx que dans le nasopharynx. Une étude est actuellement en cours au sein du laboratoire de virologie des HUG.
Exemple concret : Patient positif en début décembre avec variant Delta devenant asymptomatique, refaisant pic fièvre toux, crachats avec PCR faite pour voyage mi-janvier et positif à nouveau mais avec Omicron)
Vu la réalité du variant Omicron et les nombreux exemples. tel que celui décrit dans la question, les réinfections sont prises en compte à partir de 6 semaines suivant le premier épisode.
C’était une supposition, et il y a eu beaucoup de bruit sur cette question, mais il ne semble pas que les tests antigéniques soient moins fiables d’après les premières données publiées et les premiers chiffres des HUGs. Ce qui est juste, c’est qu’ils sont moins sensibles, en règle générale, que la PCR. Les tests antigéniques rapides sont effectivement moins fiables avec Omicron (risque élevé de faux négatif). Dans tous les cas, si un test antigénique rapide est positif, inutile d'en refaire 1, 2 ou 3: faire confirmer par PCR (très sensible). Cependant, au vu de la forte circulation du virus dans la communauté, en présence de symptôme évocateurs et d’un test antigénique négatif, il faut faire une PCR.
Le Conseil fédéral en a décidé ainsi le 19 janvier. Dès le 24 janvier, un test antigénique rapide positif suffira à l'obtention d'un certificat COVID de guérison valable en Suisse uniquement.
L'utilisation de tests antigéniques rapides augmente les capacités cantonales de dépistage.
La fiabilité de l'autotest est inférieure à un test conventionnel de dépistage. Force est de constater que l'usage de l'autotest s'est imposé, particulièrement en période de surcharge du dispositif. Fort de ce constat, on se contente de recommander aux personnes qui ont un autotest positif de confirmer par PCR dès que possible et de s'isoler en attendant. Une personne symptomatique avec un autotest négatif devrait également se faire tester.
Que la personne soit vaccinée ou non vaccinée, il convient de se faire tester en cas de symptôme. Le type de test (PCR vs. test antigénique) ne dépend pas du statut vaccinal mais toujours des mêmes critères: on fera une PCR si:
- Symptômes depuis au moins 4 jours
- Symptômes chez des personnes vulnérables ou le personnel de santé
- Enfants de moins de 12 ans
Dans les autres cas, un test antigénique rapide est possible. Dans tous les cas, le prélèvement naso-pharyngé est privilégié. Chez les enfants
Ceci est dû aux caractéristiques du test, et notamment de leur spécificité, qui est extrêmement élevée mais pas de 100%. Lorsque l’incidence est élevée dans la population, la valeur prédictive positive augmente, lorsqu’elle est basse, le risque d’observer un faux positif est plus élevé.
Ainsi, les résultats faux positifs de tests antigéniques rapides (test antigénique rapide positif, puis test PCR de confirmation négatif) surviennent surtout si l’incidence à la population est faible, qui n’est pas le cas actuellement.
La balance entre l'intérêt sanitaire et la charge logistique a été jugée défavorable. A Genève, ce sont 80'000 élèves qui auraient dû être testés. Pour être performante, il ne suffit pas de tester une fois par semaine mais deux fois par semaine.
Après analyse, il s'est avéré que la stratégie réactive précoce permettait une meilleure agilité. En période de faible prévalence, il y a peu de sens à tester massivement tous les élèves.
Actuellement, de nombreuses classes sont dépistées.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34460902/
Il n’y a actuellement pas de corrélat de protection. On sait que le risque de réinfection est faible après une infection initiale, et notamment dans les 6-8 premiers mois. La réponse immune de chacun à une infection naturelle peut cependant être très hétérogène. Une dose de vaccin après une infection naturelle permet d’homogénéiser cette réponse, d’ajouter une protection supplémentaire et de diminuer le risque de réinfection, particulièrement en ce moment où circule le variant Delta, plus transmissible que les variants précédents. Il n’y a cependant pas de contre-indication médicale à effectuer 2 doses de vaccins après une infection naturelle.
Par ailleurs, il est impossible de donner des seuils précis d’anticorps car ils sont différents d’un laboratoire à l’autre. Chaque sérologie est donc analysée individuellement, et il arrive que les personnes soient rappelées pour confronter leur résultat à leur anamnèse. En cas de résultat avec taux d’anticorps limite, deux doses sont en effet souvent recommandées par mesure de prudence et parce que les faux positifs existent.
Pour rappel, la sérologie doit avoir été faite au maximum 14 jours après la dose de vaccin. Le rationnel de l’OFSP est que si la sérologie est faite à distance de la dose de vaccin, on ne peut alors pas déterminer si la maladie n'a pas eu lieu en même temps que la vaccination, ou même après, ce qui rend un rappel nécessaire. Cela pourra peut-être évoluer dans le futur, mais la délivrance de certificat est soumise à des exigences également politiques (il faut garantir la reconnaissance de nos QR code en UE, par exemple) et non uniquement médicale/scientifique.
Chaque test diagnostic a des caractéristiques particulières. Le cut-off de positivité est déterminé pour chaque test par le fabriquant, avec des performances particulières pour chaque test.
A noter qu’à ce jour on ne connait pas encore « le taux d’anticorps » permettant un corrrélât de protection dans le temps.
La sensibilité d’un test dépend non seulement de la technique de prélèvement mais aussi des qualités intrinsèques du test (différentes pour chaque marque/test).
Oui, les performances des prélèvements naso et oro-pharyngés testés par PCR sont comparables.
C. Sérologie, immunité cellulaire
Non, impossible de faire la différence entre les variants sur la sérologie commerciale à l'heure actuelle. Par contre, possibilité de faire la différence entre infection et vaccination en regardant la présence ou non d'anticorps anti-N (présents seulement lors de l'infection, pas lors de la vaccination).
Non, car plus de séquençage systématique. Mais actuellement 99% communautaire à Genève donc 99% de probabilité qu'il s'agisse d'Omicron s'il s'agit d'une transmission communautaire.
Quasiment 100% d'Omicron dans la communauté depuis début janvier - premiers positifs communautaires début décembre. Entre, il faut que le laboratoire ait fait des PCR supplémentaires ou ait envoyé le prélèvement en séquençage pour le déterminer. Peu de laboratoire font cette PCR en raison du coût. En dehors des patients éligibles pour les anticorps monoclonaux et les patients hospitalisés, il n'y a pas de répercussion thérapeutique de cette détermination.
Suite de la question : pour savoir si laisser au travail "comme les autres" ou mesures de protection plus élevées dont télétravail, modification de poste, etc. ?
A ce jour, un seuil d’anticorps n’étant pas corrélé avec une protection sur une période déterminée, les sérologies post-vaccinales ne sont pas relevantes et généralement pas recommandées.
Après séance télémeeting du 19.01.2022: décision fédérale d’accepter test antigénique rapide pour donner droit au Pass dès le 24.1.22 (que pour la Suisse, pas reconnu en Europe).
Etude en cours au secteur E comparant PCR naso vs oro vs salivaire, conduite par labo de Viro et Find, données préliminaires très bientôt.
Seuls les tests sérologiques effectués dans un laboratoire titulaire d’une autorisation d’exploitation de Swissmedic sont reconnus. Cette exigence sert à assurer la qualité. Il n'est pas spécifié quel type d'anticorps est requis. Le taux est fixé par le laboratoire (positif ou négatif, pas de cut-off fixé). Les résultats incertains ne donnent pas droit à un certificat.
La liste des laboratoires autorisés est disponible sur le site de Swissmedic :
Non, aucune sérologie nécessaire pour le booster. Les personnes de 65 ans et plus, les résidents et bénéficiaires des EMS et des foyers de jour pour personnes âgées ont accès sans restriction à la dose de rappel. Il en va de même pour les patients de 16 à 64 ans atteintes d'une maladie chronique à haut risque porteur d'une ordonnance médicale.
Les personnes fortement immuno-supprimées ne nécessitent plus de sérologie avant la 3ème dose. Une sérologie de contrôle reste recommandée 4 semaines après la 3ème dose pour transmettre des recommandations spécifiques aux personnes qui n'auraient pas répondu.
La sérologie peut être faite sur demande mais n’est pas remboursée, sauf pour les patients immunosupprimés.
Désormais, 3 doses de vaccin ARNm (minimum 4 semaines entre chaque dose) sont recommandées à toutes les personnes ≥ 12 ans présentant une immunodéficience sévère.
Une sérologie après la 2e dose n'est plus requise. Une sérologie après la 3e dose est recommandée pour adapter les conseils.
Il n’y a aucune raison de modifier le seuil de rendu de résultats en fonction du statut vaccinal, et ceci n’est recommandé dans aucun pays. Aux HUG, le statut vaccinal n’est pas connu lors de la réalisation de la PCR et du rendu des résultats, ce qui garantit que chaque échantillon soit traité de la même façon.
Non, pris en charge par l’assurance maladie.
Seulement si vous pouvez vous assurer chez Unilabs que ce seuil correspond bien à ce qui est recommandé par l’OFSP. Il n’y a pas à l’heure actuelle de standardisation du rendu des résultats par les différents laboratoires.
Le seuil de positivité de la PCR est déterminé en fonction du type de test utilisé ainsi que des conditions dans lesquelles le test est réalisé et peut donc varier selon les laboratoires.
Les résultats de sérologies sont revus par les médecins de la cellule COVID19 du SMC. Les faux positifs existant, les résultats limites sont analysés avec soin. Les patients sont occasionnellement rappelés pour confronter le taux d’anticorps avec leur anamnèse. Dans les cas de sérologie avec taux « faiblement positifs », dans la zone grise, ou très proches du seuil, il est donc souvent recommandé de recevoir 2 doses de vaccin au lieu d’une pour assurer une bonne protection contre le virus.