Covid-19

Types des variants

Mise à jour: 23.12.2021

Texte rédigé par la Dre Pauline Vetter (HUG)

Il existe plusieurs variants, aux noms différents, dont 3 sont considérés comme étant des variants « préoccupants » (variants of concern, VOC). Un variant est considéré comme un VOC s’il a soit une plus grande transmissibilité, un phénotype différent (par exemple plus grande sévérité), un potentiel d’échappement au système immunitaire ou à des traitements, ou s’il entraîne un échec diagnostic.

L’apparition d’un variant résulte de l’évolution naturelle d’un virus avec le temps, qui acquière des mutations lui conférant un avantage lors de ces cycles de réplication.

Le virus Sars-CoV-2 mute relativement peu pour un virus à ARN  (par comparaison au virus de la grippe ou au HIV) car il possède une ARN-polymérase-ARN dépendante qui est une enzyme qui permet de corriger les erreurs à chaque cycle de réplication.  Cependant lors de chaque infection il y a des millions voire milliards de particules virales produites, et au vu du grand nombre de patients infectés il y a un grand nombre d’évènements de possibles  mutations. Ces mutations arrivent à chaque cycle de réplication du génome, par erreur de réplication du génome : elles peuvent être des insertions, des délétions ou des substitutions de nucléotides, qui peuvent soit entrainer une mutation dite synonyme (effet synonyme car pas de changement d’acide aminé) ou non-synonyme  (changement d’acide aminé). Elles ont donc sur le virus soit un impact neutre, soit négatif (virus ne supporte pas), soit un impact positif qui va favoriser la sélection du variant.

Les mutations peuvent apparaitre tout au long du génome. Toute mutation qui arrive sur le site de liaison de la protéine spike à son récepteur (endroit de liaison avec le récepteur ACE2 de la cellule qui lui permet d’entrer  dans la cellule) peut avoir un effet (négatif ou positif) sur l’entrée du virus dans la cellule soit ou sur la reconnaissance du virus par le système immunitaire, puisqu’une très grande partie des anticorps neutralisants visent la protéine spike.

Il y a déjà plusieurs milliers de variants mis en évidence depuis la découverte du virus en décembre 2019. Très tôt après la découverte du virus, encore en Chine, une mutation permettant une entrée facilitée dans la cellule était déjà identifiée (D614G). On appelle un variant préoccupant « variant of concern  ou VOC », des variants qui ont plusieurs mutations sur la protéine S et qui peuvent avoir soit une transmissibilité augmentée, une sévérité accrue ou encore qui sont capables d’échapper au système immunitaire d’entrainer des échecs de détection ou des échecs de traitement.

Principaux variants VOC préoccupants

WHO denomination

Lineage

Country of first identification

Main important mutations

Alpha

B.1.1.7

UK

N501Y,

Del 69-70

Beta

B.1.351

South-Africa

N501Y, E484K, K417N

Gamma

P.1

Brazil

N501Y, E484K, K417T

Delta

 

 

Omicron

B.1.617.2

 

 

B.1.1.529

India

 

 

Afrique du Sud

L452R,

P681R,

+/- 417N

 

 

Début novembre 2021, l’OMS reconnait 4 variants préoccupants (Variants of concern) : le variant Alpha (B.1.1.7, identifié en Angleterre pour la 1ere fois), Beta (B.1.351, identifié la première fois en Afrique du Sud), Gamma (P.1, identifié pour la première fois chez une personne en lien avec le Brésil), Delta (B.1.617.2, identifié pour la première fois en Inde).

Il existe aussi des « variants d’intérêt », surveillés de près car ils présentent des mutations connues pour entrainer des diminutions de neutralisation des sera convalescents ou vaccinés, comme les variants Lambda ou Mu par exemple. Le variant Mu, encore appelé B.1.621, a été observé pour la première fois en Colombie début 2021, et s’est rapidement propagé en Amérique Centrale et Amérique du Sud où il a augmenté en proportion. Cette expansion rapide, couplée à la présence de certaines mutations particulière, connues notamment pour favoriser un échappement au système immunitaire (ex : E484K), ont fait de lui un variant d’intérêt. Il a rarement été identifié en Suisse. Ces variants ont tous progressivement été remplacés par le variant Delta, y compris dans les pays dans lesquels ils étaient majoritaires avant l’arrivée du Delta.

Depuis mars 2021, parce qu’il est nettement plus transmissible que les autres, le variant Delta et ses sous-lignées remplacent tous les autres variants partout dans le monde, et représente plus de 99.5% des séquences analysées dans le monde mi-octobre 2021. Comme les autres variants préoccupants, il a accumulé plusieurs mutations notamment sur la protéine Spike, et qui lui confère une transmissibilité plus élevée.

Il est possible que le variant Delta puisse être un peu plus sévère, mais cette donnée n’est pas confirmée.

Pour le moment, il n’a pas été noté de risque accru de réinfection au variant Delta. Cependant, on observe une réduction in vitro de la capacité de neutralisation par les sera de personnes convalescentes.

Aucun impact sur les tests diagnostiques n’a été noté.

Les données observationnelles actuellement existantes concernant l’efficacité vaccinale contre le variant Delta montrent une efficacité possiblement diminuée contre l’infection, entre 40 et 88%. Cependant, la protection contre la maladie sévère est conservée. Bien sûr, une diminution de protection chez les personnes particulièrement fragiles et notamment âgées a été notée au cours du temps, motivant l’introduction d’un boost vaccinal (3e dose).

A Genève, depuis mi-septembre, on retrouve exclusivement le variant Delta ou ses sous-lignées. Les rapports hebdomadaires de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 dans la région genevoise, et les rapports mensuels du programme national de surveillance génomique du SARS-COV-2 sont disponibles ici : https://www.hug.ch/laboratoire-virologie/surveillance-variants-sars-cov-2-geneve-national

Le variant Delta continue progressivement à accumuler des mutations, et de nombreuses sous lignées sont décrites. La plupart ne semblent pas avoir d’avantage particulier. Un variant considéré « under monitoring » par l’OMS (pas un « variant of concern/préoccupant), appelé AY.4.2 et dérivé du Delta, augmente progressivement en proportion en Angleterre depuis le mois de juin 2021. Il est encore trop tôt pour définir avec certitude si son taux de croissance accru résulte d’une capacité intrinsèque au virus lui-même ou d’évènements liés aux comportements humains. Ce variant est aussi détecté depuis le mois d’octobre à Genève, où il circule de façon communautaire. Les données préliminaires en provenance d’Angleterre sont rassurantes concernant l’efficacité des vaccins, qui ne serait pas affectée de façon supplémentaire par rapport au Delta.

Anciens variants

Lignée B1.1.7 (alpha ex anglais)
Mis en évidence initialement au Royaume Uni, actuellement responsable de la grande majorité des nouvelles infections dans le région genevoise depuis fin février 2021. Ce variant a remplacé ceux qui circulaient localement précédemment. Plusieurs études épidémiologiques et de modélisation retrouvent une transmissibilité plus importante (de 40 à 70%) par rapport aux variants précédents, en raison des mutations qu’il comporte au niveau de la protéine Spike, qui augmentent son infectiosité. Il n’y a pas d’argument parlant en faveur d’un mode de transmission différent. Une augmentation de sa sévérité est mise en évidence par une augmentation du nombre d’hospitalisation après infection, mais la mortalité des patients hospitalisés n’est probablement pas plus élevée que pour les précédents virus circulants. L’efficacité des vaccins à ARNm contre ce variant est conservée.

Lignée B.1.351 (beta-ex-Afrique du sud)
Identifié initialement en Afrique du Sud, il circule à bas bruit en Suisse et notamment à Genève. Il semble aussi sur la base de données épidémiologiques se transmettre plus facilement, mais à l’heure actuelle ne semble pas être capable de remplacer le variant B.1.1.7 (anglais).

Variants P.1 (gamma ex-Brésil)
Responsable d’une importante flambée de cas au Brésil.

Ces 3 VOCs comportent la mutation 501Y, qui entraîne une entrée facilitée dans la cellule.

En plus, les variants P.1 et B.1.351 portent aussi la mutation 484k, qui est connue pour favoriser un échappement au système immunitaire. In vitro, la présence de cette mutation entraîne une diminution des capacités de neutralisation des sérums convalescents ou de vaccinés, ce qui a fait redouter un risque plus important de réinfections ou de moins bonne protection vaccinale.

Actuellement, les données de protection en vie réelle existantes par les vaccins à ARNm contre les variants B.1.1.7 et B.1.351 sont bonnes : ces vaccins gardent une protection conservée à près de 100% contre la maladie sévère, et un haut de protection contre l’infection (75% de protection).

Un variant B.1.627 (dit delta ex- indien)
Observé pour la première fois en octobre 2020 en Inde qui est lui aussi plus transmissible. Il a été détecté en Suisse dès la mi-avril 2021 ; il est la souche dominante (> 95%) dès juillet 2021.

Depuis la mise en place de programmes de surveillance plus large de ces variants, de nombreux nouveaux variants ont été mis en évidence. Certains sont considérés comme des variants d’intérêt (variants of interest, VOI), qui ne remplissent pas tous les critères pour être considérés comme des VOCs mais qui sont surveillés de près. Parmi lesquels, notamment:

Un variant B.1.427/429 (identifié en Californie)
20% plus transmissible que les virus qui circulaient précédemment

Un variant B.1.526 (mis en évidence à New York)
En existe maintenant de nombreux mis en évidence.

Ils portent tous des mutations qui font redouter un échappement immunitaire. Le variant B.1.627 (indien) comporte, parmi ses multiples mutations, 2 changements d’acide aminé  (E484Q et L452R) connus pour partiellement échapper à l’immunité. Cependant, il n’est pas encore mis en évidence que ce soit sa présence qui soit à l’origine de la nouvelle vague observée en Inde, la situation sanitaire et les mesures de prévention sur place étant très différentes du système suisse. Ce variant n’a pas encore été identifié à Genève.

Tous ces variants restent identifiables par les tests de PCR, qui ont plusieurs cibles permettant de détecter le virus.

Les tests antigéniques ont été montrés efficaces pour détecter le variant B1.1.7, et devraient de la même façon être efficaces pour détecter les autres variants.

B.1.617.1 – Kappa
Il s’agit d’un variant à suivre (VOI) en raison du risque d’une nouvelle infection et de l’efficacité réduite de la vaccination contre le COVID-⁠⁠19. Comme il est peu répandu en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, il n’est pas considéré comme préoccupant. Il a été découvert pour la première fois en Inde en octobre 2020.

P.2 – Zeta
Il s’agit d’un variant à suivre (VOI) en raison du risque d’une nouvelle infection et de l’efficacité réduite de la vaccination contre le COVID-⁠⁠19. Comme il est peu répandu en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, il n’est pas considéré comme préoccupant. Il a été découvert pour la première fois au Brésil en avril 2020.

B.1.525 – Eta
Il s’agit d’un variant à suivre (VOI) en raison du risque d’une nouvelle infection et de l’efficacité réduite de la vaccination contre le COVID-⁠⁠19. Comme il est peu répandu en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, il n’est pas considéré comme préoccupant. Il a été découvert pour la première fois au Nigeria et dans d’autres pays en décembre 2020.

B.1.526 – Iota
Il s’agit d’un variant à suivre (VOI) en raison du risque d’une nouvelle infection et de l’efficacité réduite de la vaccination contre le COVID-⁠⁠19. Comme il est peu répandu en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, il n’est pas considéré comme préoccupant. Il a été découvert pour la première fois aux Etats-⁠Unis en novembre 2020.

Variant Omicron (B.1.1.529)

Présentation de Dre Pauline Vetter au télémeeting 23.12.21 (PDF)

Texte du SMC 3.12.2021:
Un nouveau variant baptisé Omicron (B.1.1.529) a été mis en évidence pour la première fois le 24 novembre 2021 en Afrique du Sud mais le premier cas connu a été identifié sur un échantillon prélevé le 9 novembre. Il a été classé "variant préoccupant"(VOC) par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) le vendredi 26 novembre 2021. Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), il représente un risque élevé à très élevé pour l'Europe.
En effet, ce variant Omicron présente de très nombreuses mutations, plus de 30 sur le gène qui code pour la protéine Spike, dont 11 mutations dans la région de la liaison au récepteur 1. La plupart de ces mutations a déjà été identifié séparément sur d'autres souches où elles sont associées à une augmentation du nombre de cas et une réduction de l'efficacité vaccinale. En outre, 3 nouvelles mutations ont été identifiées qui entraînent possiblement une diminution de l'effet des thérapies par anticorps monoclonaux.
Les données actuellement disponibles sont encore très lacunaires. Néanmoins, les tests restent efficaces pour identifier ce variant. En revanche, il est encore trop tôt pour pouvoir caractériser sa transmissibilité et sa capacité à remplacer le variant Delta qui est largement prédominant. Par ailleurs, la virulence et l'impact sur l’efficacité vaccinale font encore l'objet d'études.
La plupart des pays détectent des cas en lien avec l'Afrique du Sud et dans plusieurs pays, une transmission communautaire est déjà avérée.
Un premier cas d’infection au variant Omicron a été confirmé à Genève le 30 novembre et un 2e cas qui a voyagé avec cette personne est hautement probable. Il s'agit de deux personnes de retour d'Afrique du Sud. Un 3e cas a également été confirmé par séquençage le 2 décembre. Toutes ces personnes ont été placées en isolement.
Le Centre national de référence pour les infections virales émergentes (CRIVE), le Centre des maladies virales émergentes, les HUG et le Service du médecin cantonal ont immédiatement instauré une détection rapide des échantillons des personnes infectées revenant des zones à risque. Par ailleurs, un système de recherche d’une mutation (une délétion) présente sur le variant Omicron a été mis en place sur des prélèvements positifs des échantillons testés au laboratoire de virologie des HUG afin de servir de système « sentinelle » pour le canton de Genève. Les prélèvements positifs dont le génome viral contient la mutation suspecte du variant Omicron sont ensuite confirmés ou infirmés par une analyse supplémentaire (séquençage). Cette surveillance s’inscrit dans le cadre du programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2 piloté par le Centre des maladies virales émergentes.
L’évolution de la situation est surveillée de très près.