Jean-François Etter effectue des études de sciences politiques à l’Université de Genève, qu’il complète par une maîtrise en santé publique et un doctorat en sciences  économiques et sociales, à l’Université de Genève. Il rejoint la Faculté de médecine en 1992, où il devient maître d’enseignement et de recherche en 1998, privat-docent en 2000 et professeur associé en 2012. Ses recherches portent la prévention du tabagisme et le traitement de la dépendance au tabac. Il s’intéresse en particulier aux nouvelles technologies de vaporisation de la nicotine et du tabac, aux nouvelles manières d’utiliser les substituts nicotiniques, notamment pour réduire plutôt que cesser la consommation de cigarettes, et à l’usage des nouvelles technologies de l’information (Internet, applications pour téléphones portables) pour aider les fumeurs à cesser de fumer. Il est nommé professeur ordinaire à l’Institut de santé globale, Département de santé et médecine communautaires, en juin 2019.