Jean-Paul Humair obtient en 1985 un diplôme de médecin à Genève. Il suit une formation post-graduée en médecine interne générale l’amenant à l’obtention d’un titre de spécialiste en médecine interne et d’un doctorat en médecine en 1993. Il s’oriente ensuite vers la santé publique et obtient un Certificat de santé  communautaire en 1994 à Genève puis un Master en santé publique en 1995 à l’University of New South Wales à Sydney. De 1991 à 1993, puis de 1995 à 2012, il est chef de clinique puis médecin adjoint au Service de médecine de premier recours des HUG. Il est depuis 1997 responsable du programme d’enseignement pré-gradué en médecine de premier recours. Dans ses recherches en tabacologie et médecine  ambulatoire, il élabore notamment un programme efficace de formation médicale d’aide à l’arrêt du tabac et démontre qu’une interdiction de fumer dans les lieux publics réduit les hospitalisations pour bronchopneumopathie chronique obstructive. Depuis 2013, tout en restant médecin adjoint aux HUG, il devient médecin-directeur du Centre genevois de prévention du tabagisme. Privat-docent de la Faculté de médecine de l’UNIGE en 2016, il est nommé professeur titulaire au Département de santé et médecine communautaires en janvier 2020.