Frauke Müller effectue ses études de médecine dentaire à l’Université de Bonn et y obtient un doctorat en 1987. Elle se spécialise ensuite en médecine dentaire prothétique et est nommée privat-docent de l’Université de Mayence en 1996. Elle rejoint en 2003 la Faculté de médecine de l’UNIGE à la fonction de professeure associée avant d’être promue professeure ordinaire en 2011. 

Au cours de sa carrière, Frauke Müller a largement contribué au développement de la médecine dentaire genevoise. Elle a ainsi été directrice du Département de réhabilitation oro-faciale de la Clinique universitaire de médecine dentaire (CUMD) de 2017 à 2021, et a assuré la présidence de la CUMD de 2018 à 2022. La santé bucco-dentaire des personnes âgées et en situation de handicap lui tenant particulièrement à cœur, elle a joué un rôle important dans la collaboration entre la médecine dentaire universitaire et le Département de réhabilitation et gériatrie des HUG, notamment au travers de la formation des médecins gériatres et du personnel soignant. Elle a aussi co-édité le livre « Oral Healthcare and the Frail Elder », un livre essentiel du domaine.

Très active au niveau national et international, elle a été présidente de plusieurs sociétés savantes et est membre honoraire de nombreuses associations professionnelles européennes et mondiales. Elle a reçu à deux reprises le Distinguished Scientist Award de l’International Association for Dental Research, en 2013 dans le domaine de la recherche orale gériatrique et en 2023 dans le domaine de la recherche en prosthodontie et en implantologie. Par ailleurs membre de l’Académie suisse des sciences médicales, elle a aussi un doctorat honorifique de l'université de Thessalonique et est Fellow of the Royal College of Surgeons Edinburgh à titre honorifique. Elle est nommée professeure honoraire en octobre 2025.