Pierre Fontana obtient en 1994 un diplôme de médecin à l’Université de Lausanne, complété par un doctorat en médecine en 2000, et un doctorat ès sciences à la Faculté des sciences pharmaceutiques de l’Université Paris V en 2003. Il obtient également des titres FMH de spécialiste en médecine interne (2004) et en angiologie (2006), ainsi que le titre FAMH de médecine de laboratoire (hématologie) en 2013. Il intègre le service d’angiologie et d’hémostase des HUG en 2002 et devient successivement chef de clinique scientifique, puis médecin adjoint agrégé et responsable du laboratoire d’hémostase puis de l’Unité d’hémostase. 

Privat-docent de la Faculté de médecine dès 2009, il est nommé en 2014 professeur assistant au Département de médecine, titularisé à la fonction de professeur associé en 2017, puis promu professeur ordinaire en septembre 2025. Il est en outre directeur du Département académique de médecine depuis 2023. Sur le plan de la recherche, Pierre Fontana s’intéresse particulièrement à la fonction plaquettaire et obtient plusieurs prix, dont le prix Leenaards en 2007. Il est par ailleurs le co-fondateur du Geneva Platelet Group, dont le but est de favoriser la recherche translationnelle sur la fonction plaquettaire et les médica¬ments antiagrégants en réunissant des spécia¬listes de la recherche clinique et fondamentale ainsi que des épidémiologistes.