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Gérer ses références numériques

Quart d'heure technologique du 14 décembre 2010

augmentation du nb. d'article lu, diminution du temps passé à la lecture d'un article
Augmentation du nb. d'articles lus/année, diminution du temps de lecture/article. Renear et Palmer, 2009

En 2003, presque tous les journaux scientifiques proposaient une version numérique de leurs publications (Renear et Palmer, 2009). Il a fallu presque 10 ans pour y arriver. Durant la même période, les scientifiques sont passés d'une lecture d'environ 188 articles par an à 280 articles. Toutefois le temps de lecture par article a diminué, passant d’environ 47min/article à 31min/article, ce qui donne un temps total de lecture par an à peu près constant d’environ 145 heures (Tenopir et King, 2008). C’est un temps considérable, qu’il faut valoriser en utilisant de bons outils bibliographiques. Cet article en présente deux : Zotero et Mendeley

Zotero

logo Zotero
Avec l’avènement du tout numérique, la plupart des lectures d’articles et des recherches bibliographiques se font dans la fenêtre d’un navigateur web. Ce serait donc un rêve que la gestion bibliographique puisse également se faire selon un flux continu dans le même outil. Avec Zotero, ce rêve est devenu réalité pour autant que l’on utilise le navigateur Mozilla FireFox. Par sa nature «open source», FireFox permet le développement de modules complémentaires qui enrichissent ses fonctions. Zotero est l’un d’eux. Il est gratuit, open source et fonctionne avec les systèmes d’exploitation Windows, Mac et Linux. Outre ces qualités qui le rendent tout de suite très sympathique, Zotero est équipé de toutes les fonctions d’un outil de gestion bibliographique professionnel. Le site web de Zotero est bien documenté et de nombreuses vidéos expliquent le fonctionnement de l’outil. Je me contenterai donc de citer les principales fonctions en détaillant quelques unes.
Zotero intégré dans FireFox
Les 3 panneaux de Zotero: à gauche les collections, au centre les articles et à droit le détail de chaque article

Collecter

Zotero est capable de «sentir» le type de page visitée, c’est-à-dire de savoir s’il s’agit d’un catalogue, d’un article d’une revue scientifique ou d’un journal. Si la page est reconnue, une icône ad hoc est affichée à droite de l’URL du site web. Un clic sur cette icône permet de récupérer les méta-données liées au document. Deux exemples :

Base de donnée

Faites une recherche dans la base de donnée Pubmed. Une fois les documents correspondant à votre recherche affichés, observez l’icône jaune « dossier » à droite de l’URL. Un clic sur cette icône affichera la liste de tous les documents de la page, vous permettant ainsi de choisir ceux dont vous voulez importer les données bibliographiques. Remarquez que les termes MESH sont également importés (bouton « Marqueurs » du panneau droite)

Importer depuis Pubmed

Article scientifique

Consultez par exemple la dernière publication de la revue Nature, cliquez sur le titre d’un article. Observez l’icône d’une feuille lignée à droite de l’URL. Un clic sur l’icône importera les données bibliographiques de l’article et, pour autant que vous ayez choisi l’option “Joindre automatiquement les fichiers PDF associés lors de l’enregistrement d’un élément dans les préférences de Zotero, le fichier sera également importé sur votre ordinateur

Importer un article

D’autres modes d’enregistrement sont disponibles:

  • à partir d’un identifiant unique d’un élément (DOI, PMID, ISBN)
  • alternativement, Zotero permet d’enregistrer un nouvel élément manuellement en remplissant un formulaire correspondant au type de document choisi (chapitre de livre, présentation à une conférence, ...)
  • on peut également enregistrer une copie de la page web visitée et les méta-données associées (URL, date d’accès)

Pour chaque élément entré dans la base de donnée, on peut compléter l’information associée (Info), ajouter une ou plusieurs notes (Notes), ajouter des mots-clés (Marqueurs), ajouter un lien vers un ou plusieurs autres éléments enregistrés dans la base de donnée (Connexe)

Organiser

Afin d’avoir un meilleure vision du contenu de la bibliothèque, il est recommandé d’organiser les éléments enregistrés sous la forme de collections. Un même élément peut être mis dans plusieurs collections. Pour se faire, créez un collection avec le bouton ad hoc et glissez l’élément dans la ou les collections désirées. Ce faisant, l’élément n’est pas physiquement déplacé ou dupliqué, c’est simplement un alias de l’élément qui est à chaque fois créé.

Chercher

Zotero contient un moteur de recherche raffiné qui permet une recherche multi-critères et d’enregistrer une recherche complexe afin de pouvoir la réutiliser ultérieurement.

Accéder

Grâce à un mécanisme de synchronisation entre votre ordinateur et le serveur Zotero, vos références sont consultables à l’aide de n’importe quel navigateur depuis n’importe où et en tout temps. Zotero met gratuitement à disposition 100 Mb sur leur serveur. Cela correspond à environ 200 références avec le fichier pdf associé. Contre paiement annuel, de l’espace supplémentaire est disponible: 1Gb=$20, 5Gb=$60, 10Gb=$100, 25Gb=$240.

Si vous désirez modifier ou ajouter un nouvel élément depuis un autre ordinateur (par exemple à la maison), il faut installer Zotero sur cet ordinateur et le synchroniser avec le serveur Zotero. Une modification faite depuis une installation sera automatiquement répercutée sur toutes les autres installations.

Partager

Grâce à la possibilité de créer des groupes, Zotero permet de partager une bibliographie avec, par exemple, les membres d’un même laboratoire ou des personnes collaborant sur un même projet. Suivant le degré de visibilité et le mode d’inscription, trois types de groupes sont disponibles:

  • privé: aucune exposition publique et seuls les utilisateurs Zotero invités peuvent devenir membre
  • public avec participation restreinte: tout ou une partie des documents du groupe sont visibles et l’entrée dans le groupe passe par une demande d’invitation
  • public avec participation ouverte: comme ci-dessus, mais tout le monde peut devenir membre instantanément.

Le créateur et administrateur d’un groupe peut définir qui peut voir les éléments de la bibliothèque du groupe et qui peut éditer ou ajouter des éléments. Outre les éléments d’interaction intrinsèque à Zotero (ajout, modification d’éléments), la page web du groupe contient un forum de discussion utile pour la collaboration à distance.

Citer

Tout comme EndNote, Zotero permet de citer des références et créer des bibliographies directement dans un système de traitement de texte (MS Word ou OpenOffice). Pour ce faire, il faut installer une extension au logiciel de traitement de texte. Ceci fait un menu propre à Zotero sera disponible dans le logiciel de traitement de texte. On utilisera ce menu pour citer une ou plusieurs références dans le texte et générer une bibliographie finale selon le style du journal désiré.

Et la suite ?

Depuis sa première sortie en 2006, Zotero a constamment évolué grâce à des fondations à but non lucratif qui financent les développements. Ainsi, des versions fonctionnant avec les navigateurs Google Chrome, Apple Safari, et Microsoft Internet Explorer sont annoncées. De même une version indépendante de tout navigateur est également prévue. Comme en recherche, ces avancées sont en partie le résultat d’une compétition entre les différents outils de gestion bibliographique. Ainsi, un nouveau venu, Mendeley, fait déjà beaucoup parler de lui et fait de l’ombre à Zotero.

Mendeley

Logo Mendeley
La principale différence avec Zotero réside dans le fait que Mendeley fonctionne comme une application à par entière (desktop), indépendante de tout navigateur web. A part cela, les fonctions offertent par Mendeley sont très proches de celles de Zotero:
  • usage gratuit
  • collecte automatique des méta-données liées aux articles scientifiques
  • base de donnée bibliographique accessible depuis n’importe où grâce à une version web et à une synchronisation entre les données locales et celles stockées sur le serveur. La version web est beaucoup plus riche que celle de Zotero (cf ci-dessous)
  • création de groupes privés ou publiques pour faciliter la collaboration
  • intégration avec les logiciels de traitement de texte pour citer et créer automatiquement une liste de références bibliographiques

Que choisir ?

De nombreux détails distinguent toutefois les deux outils, certains sont en faveur de Zotero, d’autres en faveur de Mendeley. Par exemple:

en faveur de Zotero

  • c’est un projet “open source”, c’est à dire que la communauté a la possibilité d’accéder au code source et de l’améliorer, et qui n’a pas d’ambition lucrative
  • une gestion simple et intégrée au navigateur
  • récupération automatique des documents pdf
  • ajout de toutes sortes de documents (pdf, capture d'écran, images, docs)

en faveur de Mendeley

  • des ressources financières et humaines importantes ont été mis en oeuvre, ce qui devrait permettre un développement rapide.
  • la version web est très riche
    • la majorité des fonctions de la version desktop sont disponibles (ajouter, modifier, effacer une référence, création de collection, tri, recherche)
    • statistiques sur le lectorat, indication des domaines “chauds”, propositions automatiques d’articles voisins
    • un espace web gratuit de 1Gb, soit 10x plus grand que celui offert par Zotero. De l'espace supplémentaire peut être acheté.
  • orienté vers un public de chercheurs en sciences

Le choix de l’un ou l’autre des outils est affaire de préférences personnelles. Si vous ne connaissez ni l’un ni l’autre, le mieux est de faire un essai ou de regarder les vidéos introductives. Quelque soit votre choix, sachez que vous n’êtes pas prisonnier car chacun des outils propose un mécanisme d’exportation de votre bibliothèque. Mendeley peut même puiser directement dans la base de donnée de Zotero pour importer votre bibliographie et les documents pdf associés.

Les sites web suivants comparent différents outils de gestion bibliographique:

Bibliographie

3 décembre 2010
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