Le MUSE propose d'étudier selon une approche interdisciplinaire le fonctionnement de l’environnement et son interaction avec les humains et la société. Chacune des problématiques environnementales traitées durant la formation - climat, énergie, eau, biodiversité, territoires - est étudiée du point de vue des sciences, des sciences sociales, de l'économie et du droit.
Le cursus offre cinq spécialisations : "Biodiversité, écosystèmes et société", "Impacts climatiques", "Développement durable et urbanisation", "Energie" et "Sciences de l’eau, ressources, gestion et société".