Né en décembre 1926 à Strasbourg, il effectue son doctorat ès sciences en biochimie avant que la Seconde Guerre mondiale ne le pousse à participer activement à la Résistance. A trente-deux ans, il devient professeur agrégé de biochimie à la Faculté de médecine Paris-Sud. Il commence alors à s’intéresser à l'étude des stéroïdes, aspects particuliers de l'endocrinologie. En 1960, il découvre la sécrétion du sulfate de déhydroépiandrostérone (SDHEA) par la surrénale humaine. Une découverte qui lui vaut le début de sa réputation internationale. En 1961-1962, Étienne-Émile Baulieu est invité à travailler dans le laboratoire de Seymour Lieberman à l'Université Columbia de New York, séjour qui lui permet de renouveler sa méthodologie d'étude des stéroïdes et d'obtenir, à son retour en France, peu après la mise en place de l'I.N.S.E.R.M. (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale), la création et la direction de l'unité 33 (1963-1997) devenue ensuite l'unité 488.

La carrière académique du chercheur est ensuite marquée par deux grands sujets. Celui de la pilule contraceptive, pour laquelle le professeur a rapidement milité. Il est aujourd’hui, dans le domaine de la procréation, mondialement connu pour le rôle qu'il a joué dans la conception, le développement et l'utilisation clinique de l'antiprogestérone RU486. Puis celui des neurostéroïdes. Son étude commence dans les années 1980 et se poursuit en ce début de millénaire avec celui de la DHEA.

Étienne-Émile Baulieu est élu à l'Académie des sciences en 1982 et en devient le vice-président en 2001. Il est aussi membre associé étranger de l'Académie des sciences des États-Unis. Il est élu professeur au Collège de France dans la chaire Fondements et principes de la reproduction humaine (1993) et reçoit de nombreuses distinctions comme la Légion d’honneur.

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