Activités de recherche à l' Université de Genève de 2004 à 2013
De 2004 à 2013 j'ai collaboré avec différents groupes de recherche et pour chacune de ces collaborations j'ai pris en charge les expériences histologiques/cytologiques personnellement, depuis le prélèvement des échantillons jusqu'à la réalisation des microphotographies et leur interprétation. Les micrographies présentées pour ces collaborations concernent les phénotypes sauvages.
Collaborations avec les groupes de recherche
du département de Botanique et de Biologie végétale - Université de Genève
1. Groupes des professeurs Jean David Rochaix et Michel Goldschmidt - Clermont - Laboratoire de Génétique Moléculaire des chloroplastes (2004 - 2013).
Étude de l'assemblage des membranes du plaste chez Chlamydomonas et Arabidopsis, souches sauvages et divers mutants, affectés dans la formation des thylakoïdes. Approche cellulaire par microscopie électronique à transmission, immunofluorescence et microscopie confocale. Collaborations: Dr Freddy Barnèche, Vera Göhre, Iga Samol; Silvia Ramoundo (étudiantes doctorantes).
Publications: Barnèche F et al. (2006) EMBO J; Göhre V et al. (2006) Plant Cell; Fristedt R et al. (2009) Plant Cell.; Samol I.et al. (2012).Plant Cell ; Ramundo S et al. (2014). Plant cell
2. Groupe du professeur Teresa Fitzpatrick - Laboratoire de Biochimie et Physiologie Végétales - Métabolisme des vitamines chez les plantes (2010 - 2013). Étude de la vitamine B6 (effet sur la croissance de l'embryon) et de la vitamine B1 (transport) chez Arabidopsis, types sauvage et mutants. Approche cellulaire: microscopie électronique à transmission, microscopie photonique et microscopie confocale.
Collaborations : Svetlana Boycheva (étudiante doctorante); Dr Elisabeth Gas -Pascual.
Publication: Raschke M et al. (2011) Plant J.
3. Groupe du Dr Xavier Perret - MER - Laboratoire de Génétique Microbienne - (2009 - 2012). Etude cytologique de nodules induits sur les racines de diverses légumineuses (Lotus japonicus, Vigna u ; Leucaena leucocephala ; Tephrosia vogelii) par Rhizobium sp. NGR234 (une bactérie à large spectre de plantes hôtes) et différents mutants. Approche: microscopie photonique et microscopie électronique à transmission.
Collaborations : Nadia Bakkou (étudiante doctorante), Dr M. Saad; Publication: Saad M.et al.(2012). Appl Environ Microbiol.
4. Groupe du professeur Jurek Paszkowski - Laboratoire de Génétique végétale - (2008 - 2013).
Détermination de la localisation de retro transposons dans des grains de pollen d' Arabidopsis d'ONSEN, un retro transposon activé par un stress thermique, dans des cotylédons et le méristème de tige d' Arabidopsis. Développement des anthères chez Arabidopsis, type sauvage et mutant.
Approche: microscopie électronique à transmission; microscopie photonique, épi fluorescence.
Collaborations: Drs Etienne Bucher, Marco Catoni; Hervé Gauber (étudiant doctorant)
5. Groupe du professeur Luis Lopez -Molina
Contrôle de la germination des graines d'Arabidopsis thaliana. Rôle de l'acide abscissique chez Arabidopsis: graines de plantes sauvages et mutants abi5. Approche: microscopie photonique et microscopie électronique à transmission.
Collaborations: Dr Natsuko; Dr U. Piskurewicz
6. Groupe du professeur Claude Penel (2004 - 2006) - Laboratoire de Physiologie Végétale.
Détection in situ de Formes Activées de l'Oxygène: étude réalisée avec la racine de plantules d' Arabidopsis comme matériel végétal et un indicateur fluorescent des formes activées de l'oxygène. Les observations ont été réalisées par microscopie confocale. Publication: Dunand et al. (2007) New Phytol.
7. Groupe du professeur William Broughton (2006 - 2009) - Laboratoire de Biologie Moléculaire des Plantes Supérieures (LBMPS).
Étude cytologique de nodules de Lotus japonicus et de Vigna unguiculata: étude cellulaire comparative, en microscopie photonique et en microscopie électronique à transmission, de nodules induits (1) par Mezorhizobium loti et Rhizobium sp. NGR234 sur la plante hôte Lotus japonicus (2) et par Rhizobium sp.NGR234, souche sauvage et mutants de polysaccharides de surface, sur la plante hôte Vigna unguiculata.
Collaborations: Drs Olivier Schumpp, Antoine Le Quéré,William Deakin.
Publication: Schumpp O et al. (2008) J Exp Bot.
Collaboration avec le Dr Nicolas Capelli
Laboratoire de Chrono-Environnement (UMR CNRS 6249 usc INRA) Université de Franche - Comté (Fr).
Thème de recherche "Étude de la réponse cellulaire d'essences forestières aux contraintes liées à l'ennoyage".
Problématique : en France on estime à 2 millions les hectares de sols exposés à l'ennoyage. Celui-ci induit principalement un déficit en oxygène dans le sol (hypoxie ou anoxie) néfaste pour le système racinaire. La nature des réponses des ligneux à ce type de stress est encore mal connue. Le chêne pédonculé (Quercus robur L) et le chêne sessile (Quercus petrae L.), deux des espèces ligneuses les plus répandues en Europe centrale, présentent une tolérance opposée vis-à-vis de l'ennoyage. Le projet de recherche avait pour but d'étudier les bases cellulaires et moléculaires de la sensibilité de ces deux espèces face à un ennoyage plus ou moins long. Cette collaboration a porté dans un premier temps sur l'étude de l'expression de l'hémoglobine non-symbiotique et les modifications cellulaires dans les racines de ces deux espèces de chênes soumis à des périodes d'ennoyages courtes à longues. Elle a fait l'objet d'un travail de Master réalisé par Audrey Berger - Université de Genève (2007):" Étude par hybridation in situ de l'hémoglobine non-symbiotique chez deux écotypes de chêne en réponse à l'ennoyage". Publications: Parent C et al. (2008) New Phytol ; Parent et al. (2008) Plant Signaling & Behavior; Parent et al. (2011) Plant Cell Environment.
Cette collaboration s'est ensuite focalisée sur l'étude de gènes impliqués dans certains mécanismes de régulation des flux d'eau comme les aquaporines mais aussi dans le phénomène de mort cellulaire programmée par une approche multidisciplinaire: biologie moléculaire et cellulaire.
Description du sujet de thèse à Besançon menée par Claire Depardieu. Publication: C. Rasheed-Depardieu et al. PLoS One (2012) en ligne, open access.
Collaboration avec le professeur Herve Vanderschuren
Department of Biology - Institute of Agricultural Sciences - Group of Plant Biotechnology- Cassava Research - ETH Zurich.
En préparation : mes activités de recherche de 1975 à 2003