Le CEM est membre du réseau des centres d'études médiévales de Suisse :

• Mediävistik Basel (Bâle)
• Berner Mittelalterzentrum (Berne)
• Institut d'Études Médiévales (Fribourg)
• Centre d’Études Médiévales et Post-Médiévales (Lausanne)
• Collège médiéval (Neuchâtel)
• Kompetenzzentrum Zürcher Mediävistik (Zürich) 

Le CEM est également membre de la Fédération internationale des Instituts d'Études médiévales (FIDEM)

Le CEM collabore avec les organismes ou les programmes suivants :

• Maison de l'Histoire (Université de Genève)
• Programme doctoral en études médiévales (CUSO)
• Département de l'Instruction Publique (Genève), pour les travaux de maturité
• Fondation Bodmer (Genève)
• Association des Jeunes Chercheurs Médiévistes (Université de Genève)

Les différents sites des départements ou unités des membres du CEM, formant la communauté des enseignants-chercheurs médiévistes de l'Université de Genève, sont disponibles en lien sous l'onglet Membres