Les AIJJR conservent les fonds d'archives et les collections de publications relatifs aux activités de l’Institut J.-J. Rousseau et de ses membres ou de personnalités proches, ainsi que ceux de personnalités actives dans la Fondation ou ayant travaillé sur l’histoire de l’Institut. Elles collectent aussi des documents de personnes et institutions ayant travaillé dans des champs reliés à ceux de l'Institut Rousseau (sciences de l'éducation, éducation nouvelle, écoles actives, éducation internationale, pacifisme, etc.) dans le contexte genevois ou régional, voire international, et dans la longue durée. Ces fonds et collections sont pour la plupart liés à différents protagonistes de l’Institut ayant marqué la psychologie et la pédagogie au XXe siècle tels qu'Edouard Claparède, Adolphe Ferrière, Pierre Bovet, Charles Baudouin, André Rey, Helena Antipoff, Mina Audemars et Louise Lafendel (fondatrices et directrices de la Maison des Petits), Germaine Duparc ou Henry Brantmay.