Des techniques de séquençage génétique de pointe pour déterminer les causes de fièvres aiguës en Afrique et mieux faire face aux épidémies

La Fondation Bill et Melinda Gates octroie un financement de 2,5 millions de dollars à des chercheurs suisses afin de renforcer la surveillance des maladies fébriles aiguës en Afrique (SAfia) grâce à l’utilisation de techniques de séquençage à haut débit permettant d’identifier précisément les pathogènes en cause. Ce projet de recherche, mené conjointement par la Policlinique médicale universitaire de Lausanne (PMU), le Centre des maladies virales émergentes de la Faculté de médecine de l’Université de Genève et des HUG, le CHUV et l’Institut Tropical et de Santé Publique Suisse (Swiss TPH), permettra aux acteurs de santé de répondre plus rapidement et plus efficacement en cas de flambées épidémiques.

En Swahili, le mot «Afia» signifie «santé». Ce mot correspond parfaitement à l’acronyme de «Acute Febrile Illness in Africa». La fièvre est un symptôme de tous les jours chez les patients se rendant dans les cliniques en Afrique. Elle représente un défi diagnostique et une préoccupation majeure pour les autorités de santé, en particulier dans le contexte des maladies infectieuses émergentes.

Le projet SAfia vise à étudier les causes infectieuses, notamment virales, des fièvres chez les adultes et les enfants soignés dans les centres de santé primaires en Tanzanie, en utilisant les technologies de séquençage génétique à haut débit les plus récentes développées à travers le monde. Ces patients représentent en effet une population clé dans la surveillance des maladies infectieuses, car ils permettent de détecter des infections fréquentes ou ignorées, et non pas uniquement les maladies plus sévères que l’on rencontre généralement dans les hôpitaux de référence. Ce projet de recherche contribuera donc à l’identification des virus, des bactéries et des parasites qui circulent dans ces communautés, des informations épidémiologiques essentielles pour améliorer la prise en charge, la planification sanitaire et la préparation aux épidémies.

Les récentes épidémies dévastatrices d'Ebola, Chikungunya et Zika ont en effet mis en lumière le fait que la surveillance des maladies infectieuses doit inclure des outils de dépistage très sensibles, capables d'identifier des espèces virales inconnues, des variants génétiques inattendus ou encore des pathogènes émergents potentiellement épidémiques. Le projet SAfia explorera la validité de ces nouvelles technologies génétiques dans le contexte des soins de santé primaires et déterminera leur place potentielle dans le futur.

De plus, ce projet se différencie de multiples autres projets à visées technologiques par son ancrage médical. Une grande partie des épisodes de fièvre en Afrique ont souvent une cause inconnue. En reliant les pathogènes identifiés grâce à ces analyses approfondies aux informations cliniques disponibles pour chaque patient, les médecins du projet SAfia augmentent les chances d’éclaircir les manifestations et les conséquences des maladies à l’origine de la fièvre.

Ce projet, financé par la Fondation Bill et Melinda Gates à hauteur de 2,5 millions de dollars sur 2 ans et demi, soutiendra les activités complémentaires de recherche clinique et génétique à la PMU, au CHUV et, à Genève, au Centre des maladies virales émergentes. Il est mené par la Prof. Valérie D'Acremont à la PMU à Lausanne et au Swiss TPH à Bâle, en collaboration avec le Prof. Laurent Kaiser à la Faculté de médecine de l’UNIGE et aux HUG à Genève.

23 janvier 2017

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