De la Troisième période intermédiaire à l'époque gréco-romaine

À partir de la Troisième période intermédiaire, une nouvelle divinité fait son apparition dans le panthéon de Hout-sekhem : le dieu Néferhotep. Il est représenté sous la forme d’un personnage masculin coiffé d’une perruque ronde surmontée d’un pschent. Il peut aussi être représenté sous la forme d’un jeune dieu, tenu dans les bras d’un prêtre attaché à son culte, toujours coiffé du pschent (stèle Munich ÄS 40). Au cours du temps, Néferhotep va prendre une importance grandissante, jusqu’à devenir la divinité majeure de la ville. Toute une série d’autres divinités sont également attestées dans la documentation tardive : Oudjarenes - une prêtresse locale divinisée -, le fétiche-sekhem auguste, mais aussi Osiris, Isis et Nephthys, et toujours Hathor.

Durant la période gréco-romaine, la capitale régionale reçoit une nouvelle appellation en grec, Diospolis Mikra. Les vestiges encore actuellement visibles dans Hou datent de cette époque. Il s’agit surtout d’un kiosque situé dans la partie sud de la petite ville moderne et d’un montant de la porte de l’enceinte qui clôturait probablement le temple de Néferhotep, tous deux d’époque ptolémaïque. En plusieurs endroits, apparaissent également des portions d'un mur de très grandes dimensions fait de blocs de remplois provenant de temples ptolémaïques, dont la fonction et la date de construction restent encore indéterminées. À l’extérieur de Hou, à 1,6 km au sud, un fort romain s’élevait en lisière du désert. Plusieurs éléments datant des époques ptolémaïque et romaine y furent retrouvés par W.M.Fl. Petrie à la fin du XIX^e siècle, dont certains blocs qui appartenaient vraisemblablement à des temples inclus dans l’enceinte du fort. Des nécropoles antérieures et contemporaines à ce monument sont situées à ses alentours immédiats.