Analyses fonctionnelles

Plusieurs méthodes d'analyse fonctionnelle sont disponibles pour nous aider à mieux comprendre les changements observés dans des données à grandes échelle (données de transcription, d'accessibilité de chromatine, de protéomique, de métabolomique, de cytométrie de flux, etc). La plupart de ces analyses fonctionnelles peuvent s'appliquer aux données "bulk" ou "single-cell", et peuvent combiner plusieurs sources de données pour un tirer une informatioin biologique globale.

Enrichissement de voies métaboliques ou de signalisation

Nous obtenons des annotations fonctionnelles des gènes à partir de bases de données telles que le Gene Ontology Consortium ou KEGG Pathways, et appliquons des méthodes statistiques telles que l'analyse d'enrichissement des voies de signalisation ou l'analyse de surreprésentation pour tester l'enrichissement des voies métaboliques. Cela nous permet de déterminer si un traitement expérimental particulier a un impact sur l'expression génique au niveau de la voie de signalisation.

Régulation de la transcription

Les données d'expression génique peuvent également être utilisées pour déduire l'activité des facteurs de transcription. À l'aide d'outils tels que ISMARA ou SCENIC et de bases de données répertoriant les interactions connues entre les facteurs de transcription et les gènes cibles, nous pouvons déduire les réseaux de régulation de la transcription et les comparer entre différentes conditions expérimentales, échantillons ou cellules individuelles.

Communication inter-cellulaire

Enﬁn, les bases de données sur les interactions ligand-récepteur et les méthodes statistiques implémentés dans des outils tels que CellChat ou NicheNet nous permettent de détecter des réseaux de communication intercellulaires signiﬁcatifs. Les méthodes décrites ici nous permettent d'explorer un jeu de données d’expression génique sous différents angles, fournissant ainsi des informations supplémentaires sur la biologie au-delà de l'analyse différentielle classique des gènes.

Ce que nous proposons

Appliquer et combiner différentes méthodes d'analyse fonctionnelle
Analyse d'enrichissement des voies métaboliques ou de signalisation
Analyse de l'activité des facteurs de transcription
Analyse de la communication intercellulaire

Ce dont nous avons besoin de votre part

Soit les données brutes de séquençage (fournies par un centre de séquençage), soit les données de comptage de l'expression génique par échantillon ou par cellule
Des détails sur l'analyse et les questions biologiques que vous souhaitez aborder avec votre jeu de données transcriptomiques
Informations sur les conditions expérimentales des échantillons