Du séquençage à la fonction biologique
Le BDSF analyse les données de transcriptomique et génomique, de la sortie du séquenceur à la publication. Nous avons l'expertise nécessaire au traitement de données au design complexe. Nous effectuons les corrections, filtrages et analyses permettant de tirer le maximum d'information biologique de ces données. Nous proposons des interprétations et visualisations claires, en vue de la publication des résultats.
Méthodes "single-cell"
- scRNA-seq (10X Chromium, Parse Bioscience, Smart-seq)
- scTCR-seq
- multiome
- CITE-seq
- Transcriptomique spatiale (Xenium, Visium CytAssit, CosMx, GeoMx, Stereo-seq)
Méthodes "bulk"
- RNA-seq
- BRB-seq
- ChIP-seq
- ATAC-seq
- Conformation de chromatine (Hi-C, 4C-seq)
- Ribo-seq
- Séquençage Nanopore
- WES
- Methylation de l'ADN
- CRISPR-Cas9 screen
- TCR/BCR-seq
Analyses fonctionnelles
- Analyse d'expression différentielle
- Analyses d'enrichissement en voies de signalisation (GSEA, ORA)
- Découverte de biomarqueurs/signatures prognostiques et prédictives
- Réseaux de regulation transcriptionnelle
- Communication inter-cellulaire, ligand-récepteur (CellChat, NicheNet, CellPhoneDB)
- Analyse de répertoire TCR/BCR et de la diversité et expansion clonale
- Détection de mutations/polymorphismes (SNP) et associations génomique (GWAS)
- Splicing alternatif
- Analyse en série temporelle
Autres services
- Aide au design expérimental
- Analyses statistiques
- Analyses d'association avec des données cliniques (réponse au traitement, survie. etc)
- Exploration de données publiques
- Déposition dans des bases de données publiques
Autres types de données à grande échelle
- Protéomique
- Métabolomique
- CyTOF
- Nanostring et protein arrays
- LC-MS/MS
- Lipidomique