Aide à la soumission, au partage et à l'exploration des données
Applications Shiny sur mesure
Pour une accessibilité plus interactive, notre plateforme développe également des applications R Shiny sur mesure pour rendre des résultats complexes faciles à explorer, partager et réutiliser. Nous prenons en charge le prototypage, le développement, le déploiement sécurisé et la maintenance, avec une attention particulière à la reproductibilité, à la documentation et à la pérennité.
Ce que nous proposons
- Recueil des besoins (utilisateurs cibles, questions clés, priorités)
- Fonctions “portail” d’exploration (recherche, graphiques interactifs, vues par cohortes/clusters, téléchargements)
- Fonctions d’analyse (filtres, comparaisons standardisées, exports de figures)
- Conception du déploiement et mise en production (hébergement interne ou cloud approuvé, optimisation des performances)
- Documentation (guide utilisateur)
- Options de maintenance (correctifs, mises à jour de dépendances, évolutions fonctionnelles)
Ce dont nous avons besoin de votre part
- Une description courte des objectifs et des utilisateurs (pour qui, et quelles décisions l’app doit soutenir)
- Des données représentatives
- Les exigences d’accès et de sécurité (public/interne, rôles si besoin)
- Un contact scientifique pour valider rapidement lors des itérations
Exemple : BrainTime (Laboratoire Johanna Joyce)
Un cas fréquent est une application servant à la fois d’outil d’analyse et de portail d’exploration, permettant aux collaborateurs de vérifier les résultats, comparer des groupes et produire des figures cohérentes. L’application BrainTIME permet d’explorer l’expression génique au sein de populations immunitaires dans le microenvironnement des tumeurs cérébrales humaines, avec filtres interactifs et comparaisons standardisées.
Soumission dans une base de donnée
Nous vous accompagnons pour déposer vos jeux de données dans des bases d’hébergement adaptées, comme GEO, SRA/ENA, ArrayExpress, Zenodo/Figshare en veillant à la qualité des métadonnées. Nous ne pouvons pas garantir l’acceptation finale par le dépôt, mais nous maximisons la conformité du dossier.
Ce que nous proposons
- Conseil sur le choix de l’hébergeur
- Aide aux métadonnées (description d’étude, design expérimental, annotations d’échantillons, protocoles)
- Préparation du texte “Data availability” pour manuscrit et suivi des accessions/embargos
Ce dont nous avons besoin de votre part
- Les fichiers finaux à déposer (bruts et/ou traités selon le dépôt) et une description du pipeline s’il n’a pas été effectué par la plateforme BDSF
- Une table d’annotations d’échantillons (et règles de codage/abréviations)
- Votre calendrier (soumission avant soumission d’article, révision, acceptation)