Un virus, au fond, tient à peu de chose: un morceau d’ARN ou d’ADN enfermé dans une enveloppe de protéines. Mais lorsqu’il surgit sous une forme inattendue ou dans une région du globe qui ne l’a jamais rencontré, ce minuscule assemblage peut mettre en danger la population et alerter des hôpitaux, des autorités sanitaires et des réseaux scientifiques entiers. Et c’est précisément pour anticiper ces moments-là qu’intervient le Centre des maladies virales émergentes des HUG et de l’UNIGE. «Un virus émergent, c’est soit un virus complètement nouveau, comme le SARS-CoV-2 à l’époque, soit un virus connu que l’on détecte pour la première fois dans une région où il n’était pas endémique», explique Isabella Eckerle, médecin aux HUG, chercheuse au Département de médecine de l’UNIGE et directrice du Centre. Mpox en Europe, Zika au Brésil, hantavirus sur un bateau de croisière, ou Ebola Bundibugyo aujourd’hui en République démocratique du Congo (RDC) et en Ouganda, à chaque fois la question est la même: peut-on identifier rapidement ce qui circule pour prendre les bonnes mesures?

Un centre qui veille dans l’ombre

Se reposant sur les expertises de longue date et sur les laboratoires de référence créés dès le début des années 2000, le Centre a été formalisé en 2016, dans le sillage de l’épidémie d’Ebola qui a frappé l’Afrique de l’Ouest en 2014. L’idée était de réunir, à Genève, les compétences cliniques, diagnostiques, scientifiques et les connexions internationales nécessaires pour faire face aux virus émergents. «Nous sommes l’un des deux centres en Suisse capables de prendre en charge des patient-es avec des virus hautement pathogènes, comme Ebola», souligne Isabella Eckerle. Concrètement, cela implique des médecins formé-es, des infirmiers et infirmières entraînées, des procédures répétées régulièrement, des équipements de protection, mais aussi un laboratoire de haute sécurité capable de travailler jour et nuit en cas de suspicion. Pour garantir ces exigences, le Centre est affilié à plusieurs laboratoires et services cliniques de virologie. Il est également adossé à plusieurs laboratoires nationaux et internationaux de référence.

Mais, avant tout, la clé de cette préparation est le diagnostic. Lorsqu’un virus apparaît, il faut pouvoir reconnaître une partie de son matériel génétique. Pour cela, le Centre utilise notamment la PCR, une technique qui amplifie des fragments d’ARN ou d’ADN viral jusqu’à les rendre détectables et interprétables. Mais encore faut-il que le test PCR vise la bonne cible. «Pour plusieurs virus rares, il n’existe pas de test commercialisé. Nous en développons nous-mêmes, explique la virologue. Cela nous permet de savoir exactement quelles séquences ils reconnaissent et de les adapter si le virus change.»

Ce travail se fait souvent loin des projecteurs, en période calme, parfois pour mettre en place des protocoles de dépistage qui ne seront presque jamais utilisés. Mais c’est précisément ce qui permet d’être prêt lorsqu’un virus apparaît.

Quand le diagnostic change tout

L’actualité récente l’a montré. Au printemps 2026, un foyer de hantavirus – très rare dans nos contrées – est identifié parmi les touristes et l’équipage du navire de croisière MV Hondius. Un voyageur suisse, débarqué avant l’alerte générale, se présente à l’Hôpital de Zurich avec des symptômes. Il avait séjourné dans le fameux navire. Son échantillon est directement envoyé à Genève. «Grâce à notre test PCR, nous avons pu dire très rapidement qu’il s’agissait bien du virus des Andes», restitue Isabella Eckerle. Un détail crucial, car parmi les hantavirus transmis à l’humain par les rongeurs, le virus des Andes est le seul hantavirus capable de se transmettre d’humain à humain.

Très vite, le Centre, en collaboration avec le laboratoire de virologie de Zurich, séquence le virus. L’échantillon arrive un mardi. Le vendredi, un rapport est publié à l’international. «Nous avons pu montrer au monde que ce n’était pas un nouveau virus, mais bien une souche connue, proche de celles déjà décrites en Amérique du Sud», précise la chercheuse. Dans un contexte où les rumeurs peuvent circuler plus vite que les données, cette précision rassure et oriente les autres laboratoires et permet de connaitre les caractéristiques du virus pour adapter les mesures de santé publique.

Cette articulation entre la recherche de laboratoire de pointe et le terrain est au cœur du modèle genevois. Le Centre collabore aussi avec l’OMS pour les maladies épidémiques et pandémiques. Il contribue à la formation, met des protocoles à disposition et s’inscrit dans un réseau international indispensable. «Ce travail ne peut pas se faire seulement au niveau national, analyse Isabelle Eckerle. Pour être à jour, il faut échanger avec des partenaires internationaux.»

De la veille au laboratoire universitaire

Le lien avec l’UNIGE se joue notamment à travers la recherche translationnelle menée par Isabella Eckerle. Son groupe étudie les virus zoonotiques (transmis par la faune) émergents comme les coronavirus ou autres types de virus respiratoires. L’objectif est de mieux comprendre comment un virus se comporte dans des cellules humaines et comment les tests de diagnostic réagissent face à de nouvelles variantes.

«On ne peut pas toujours prédire le comportement d’un virus à partir de sa séquence génétique», explique-t-elle. Son équipe travaille donc avec des cellules d’origine humaine en culture, par exemple issues des voies respiratoires ou du placenta, pour observer ce que fait réellement un virus au niveau cellulaire. Déclenche-t-il une forte réponse immunitaire? Échappe-t-il aux anticorps? Résiste-t-il à certains traitements? Les tests commerciaux le reconnaissent-ils? Ces questions, très fondamentales en apparence, deviennent vite essentielles en cas d’alerte.

Ebola, le rappel brutal

L’épidémie actuelle d’Ebola Bundibugyo en RDC rappelle l’importance de l’anticipation et du diagnostic. Cette souche est plus rare que le virus Ebola Zaïre, à l’origine de la grande épidémie de 2014. Or, certains tests rapides déployés sur le terrain étaient surtout ciblés sur cette dernière souche. «Des patient-es semblaient cliniquement souffrir d’Ebola, mais les tests disaient le contraire. Cela a peut-être contribué à retarder la détection, donc à favoriser la propagation de l’épidémie», détaille Isabella Eckerle.

Selon elle, cet épisode illustre une difficulté récurrente. Les outils très simples, fermés, rapides et robustes, sont précieux pour ces pays avec peu de moyens sanitaires, mais ils ne reconnaissent pas toujours toutes les souches. À l’inverse, les laboratoires classiques sont coûteux et exigent davantage de formation et d’infrastructure, mais ils offrent une plus grande capacité d’adaptation et d’analyse. D’où l’intérêt du Centre à contribuer à la formation au niveau local avec l’aide de l’OMS et d’ONG.

À Genève, le Centre se tient prêt. Les tests peuvent détecter les différentes souches d’Ebola. Le scénario redouté reste peu probable pour la Suisse, mais il est anticipé. On ne peut en effet exclure qu’un rapatriement médical, un membre d’une organisation internationale exposé sur le terrain, une personne rentrant d’un voyage et infectée sans le savoir rapportent un jour ou l’autre ce sinistre virus sous nos latitudes…