Le Département offre quatre programmes d’études ainsi que le doctorat ès lettres. Le programme du Baccalauréat universitaire en Histoire générale offre aux étudiant-e-s l’opportunité d’acquérir des aptitudes méthodologiques, des connaissances, une culture et une conscience historiques étendues dans les quatre périodes de l’histoire ainsi qu’en histoire suisse (les cinq « champs d’études »). Parmi ces cinq champs, les étudiants choisissent pendant la première année trois champs de spécialisation.
Les programmes de Maîtrise (Master) permettent aux étudiant-e-s de se spécialiser tant chronologiquement que thématiquement et de peaufiner leurs méthodes de recherche, leur capacités d’argumentation, de présentation orale et écrite. À l’offre de la Maîtrise d’Histoire générale dans laquelle les étudiants choisissent trois champs s’ajoute, depuis 2012, la Maîtrise plus spécialisée d’Histoire transnationale. Fruit d’une large coopération avec nos partenaires, surtout contemporanéistes et modernistes, de la Faculté des lettres, ainsi qu’avec l’Institut d’histoire de la réforme et l’Institut d’histoire économique Paul Bairoch, celle-ci privilégie l’ouverture vers le monde européen et extra-européen et insiste sur les interactions et circulations sociales, culturelles, économiques et politiques entre sociétés. L’année 2014 a également vu la naissance d’une Maîtrise « recherche » en Histoire générale à 120 crédits.
Ces trois Masters peuvent enfin, et c’est la dernière étape, ouvrir la voie au doctorat. Le Département compte plus d’une trentaine de doctorant-e-s qui travaillent dans une ambiance collégiale sur des thématiques variées, et contribuent aussi bien à l’enseignement qu’à la recherche.
Par ailleurs, le Département offre une contribution importante au programme inter-facultaire du baccalauréat universitaire en relations internationales, dont les diplômé-e-s spécialisés en histoire peuvent continuer leurs études dans le cadre de la maîtrise d’histoire transnationale ; il participe aussi à de multiples coopérations au niveau de la formation de maîtrise (par ex. dans le programme d’études européennes) et doctorale.