Les activités de recherche et de formation, ainsi que celles liées au programme d'information scientifique, s’inscrivent dans quatre axes : «arts et savoirs sur les sexualités», «droits sexuels», «santé sexuelle» et «histoire et politiques des sexualités». Le CMCSS prend ainsi part de manière concrète et significative au besoin d’apporter des éclairages multiples sur la question complexe des savoirs sur les sexualités et de leurs enjeux présents, passés et futurs.