[993] Emerging viruses
Le groupe de "Virus émergents" est dirigé par la Pr Isabella Eckerle, MD, DTMH, et des virologues cliniques ayant plus de 10 ans d'expérience dans le domaine des virus émergents, en particulier les virus zoonotiques et les coronavirus. Elle est également responsable du Centre des maladies virales émergentes de Genève.
C’est le groupe de recherche affilié au Centre de Genève pour les maladies virales émergentes, une institution conjointe entre les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et la Faculté de médecine de l'Université de Genève, le laboratoire principal du groupe de recherche est situé au Département de microbiologie et de médecine moléculaire (MIMOL) du Centre médical universitaire (CMU).
Nos recherches se concentrent sur la caractérisation phénotypique des nouveaux virus zoonotiques émergents par 1) l'évaluation des risques en laboratoire à l'aide de modèles de culture cellulaire innovants et hautement spécifiques provenant de l'homme et de réservoirs animaux et 2) des études translationnelles sur les caractéristiques virales cliniques chez l'homme, telles que les modèles d'excrétion virale, les réponses anticorps et l'évolution intra-hôte.
Depuis le début de la pandémie de SRAS-CoV-2, notre laboratoire est fortement impliqué dans le développement et la validation de diagnostics pour le SRAS-CoV-2, ainsi que dans de multiples projets de recherche sur le SRAS-CoV-2, par exemple des études d'isolement du virus, la création d'une biobanque SRAS-CoV-2, la caractérisation moléculaire et phénotypique et la co-infection avec d'autres virus respiratoires dans des cellules épithéliales primaires des voies respiratoires et des études cliniques et immunologiques.
Le groupe de recherche est étroitement lié au laboratoire de virologie diagnostic et au Centre national de référence pour les infections virales émergentes (CRIVE) de l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) aux HUG. Le Centre héberge les installations P3 et P4D, situées aux HUG, où sont réalisés nos travaux sur le SRAS-CoV-2 infectieux.
Lien vers le Centre des maladies virales émergentes de Genève https://www.hug.ch/centre-maladies-virales-emergentes et les laboratoires de diagnostic des HUG, y compris le CRIVE https://www.hug.ch/laboratoire-virologie.
Le laboratoire est membre du réseau international de laboratoires de référence pour le dépistage COVID19, désigné par l'Organisation mondiale de la santé début 2020, auquel notre groupe contribue en termes de validations diagnostiques du SRAS-CoV-2 (Réseau de laboratoires de référence COVID-19 de l'OMS).
Le laboratoire est également un partenaire collaborateur de la Fondation pour les Diagnostics Innovants (FIND) afin de fournir un soutien pour des diagnostics précis du SRAS-CoV-2 et d'autres virus émergents (par exemple, la variole du singe). Les mises à jour des validations actuelles des tests moléculaires et des tests rapides de diagnostic antigénique sont disponibles ici :
https://www.finddx.org/covid-19/sarscov2-eval/
Des collaborations étroites existent également avec le Service des maladies infectieuses, l'Unité d'épidémiologie des populations, l'Unité des maladies infectieuses pédiatriques des HUG et le Centre de vaccinologie du Département de pathologie et d'immunologie de l'Unige.
En Suisse, notre Centre et notre groupe de recherche collaborent en outre avec plusieurs autres laboratoires, dont l'EPFL, Vetsuisse Bern et le laboratoire de Spiez.
NEWS!
Notre 3ème symposium du Centre des maladies virales émergentes aura lieu prochainement !
Du 7 au 9 décembre 2022
“COVID19 AND BEYOND - UNDERSTANDING EMERGING VIRUSES AND THEIR PUBLIC HEALTH IMPACT”
Veuillez consulter le lien pour tous les détails:
https://www.unige.ch/emerging-virus-symposium/
Les inscriptions sont ouvertes !
Nous sommes co-organisateurs du
XVIth International Nidovirus Symposium 14. - 18.05.2023, Montreux, Switzerland
Suivez-nous sur Twitter pour plus d'informations @nidovirus2023
Page d'accueil et plus d'informations bientôt disponibles !
Notre travail a été récompensé !
1er Prix de la Société Suisse des Maladies Infectieuses/Fondation Académique Suisse pour l'Enseignement des Maladies Infectieuses dans la catégorie "Recherche clinique en maladies infectieuses" (2022) pour notre publication "Infectious viral load in unvaccinated and vaccinated individuals infected with ancestral, Delta or Omicron SARS-CoV-2" par Olha Puhach et al, publiée dans Nature Medicine en avril 2022 !
https://www.nature.com/articles/s41591-022-01816-0
La remise du prix a eu lieu lors de la réunion annuelle de la SSI le 22 septembre 2022 à Interlaken.
Vous trouverez plus d'informations sur nos travaux dans les communiqués de presse de l'Unige !
Fonds de recherche et projets
Carigest Foundation, Projet: “Establishment of an in vitro model of polarized primary human airway epithelial cells from children for the study of viral respiratory infections”
Horizon 2020, European Union, Projet: “European Clinical Research Alliance on Infectious Diseases – ECRAID-Base
Swiss National Foundation (SNF) National Research Program (NRP) 78 Covid-19 “Large-scale serological profiling of SARS-CoV-2 and related human CoVs with high-throughput microfluidic nano-immunoassays”,
Co-application avec Sebastian Maerkl, École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL)
Swiss National Foundation (SNF), Special call on coronaviruses, Projet: “Phenotypic characterization of a SARS-CoV-2 clinical strain biobank and risk assessment of evolving virus variants,
Swiss National Foundation (SNF), Special call on coronaviruses Projet: “Real-time pandemic functional characterization of SARS-CoV-2”
Co-application avec Volker Thiel et Ronald Dijkman (Institute of Virology and Immunologie, Bern)
Laboratoire collaborateur de la Foundation for Innovative Diagnostics (FIND): “Support for accurate 2019-nCoV diagnostics”
Foundation privée HUG: Rapid response support for SARS-CoV-2
Fondation Pictet, Projet: “COVID-19, le nouveau défi du Centre de maladies virales émergentes - Understanding transmission & risk factors for COVID-19 in primary cell culture models”
Fondation Ernst et Lucie Schmidheiny, Projet: „Assessment of host-switching capacity of newly identified bat filoviruses through single amino acid change in the spike glycoprotein“
Isabella Eckerle participe également aux initiatives suivantes
High-Level European Expert Group for Covid19 and Monkeypox stabilisation, OMS Euro
Experte du comité des maladies respiratoires pandémiques à l'Institut Robert Koch (RKI) en Allemagne
Membre du groupe de travail conjoint entre ECDC/OMS Euro sur la caractérisation du virus SRAS-CoV-2
Scientific advisory board, BioHub de l'OMS, Laboratoire de Spiez, Suisse
Expert invité au forum mondial de la recherche et de l'innovation de l'Organisation mondiale de la santé : towards a research roadmap for the 2019 novel Coronavirus, R&D Blueprint Initiative (11-12 February 2020)
Membre du groupe d'experts sur l'histoire naturelle et la transmission du virus.
Organisation mondiale de la santé, Groupe de profils de produits cibles : COVID-19 Target product profiles for priority diagnostics to support response to the COVID-19 pandemic v.1.0, 29 septembre 2020, https://www.who.int/publications/m/item/covid-19-target-product-profiles-for-priority-diagnostics-to-support-response-to-the-covid-19-pandemic-v.0.1
Publications
(sélection)
Keusch GT, Amuasi JH, Anderson DE, Daszak P, Eckerle I, Field H, Koopmans M, Lam SK, Das Neves CG, Peiris M, Perlman S, Wacharapluesadee S, Yadana S, Saif L. Pandemic origins and a One Health approach to preparedness and prevention: Solutions based on SARS-CoV-2 and other RNA viruses. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Oct 18;119(42):e2202871119
Infectious viral load in unvaccinated and vaccinated individuals infected with ancestral, Delta or Omicron SARS-CoV-2. Puhach O, Adea K, Hulo N, Sattonnet P, Genecand C, Iten A, Jacquérioz F, Kaiser L, Vetter P, Eckerle I, Meyer B. Nat Med. 2022 Jul;28(7):1491-1500.
Neutralization capacity of antibodies elicited through homologous or heterologous infection or vaccination against SARS-CoV-2 VOCs. Bekliz M, Adea K, Vetter P, Eberhardt CS, Hosszu-Fellous K, Vu DL, Puhach O, Essaidi-Laziosi M, Waldvogel-Abramowski S, Stephan C, L'Huillier AG, Siegrist CA, Didierlaurent AM, Kaiser L, Meyer B, Eckerle I. Nat Commun. 2022 Jul 4;13(1):3840.
Different virus, same mistakes: Why (re-) emerging viruses are one step ahead of us. Vetter P, Jacquérioz F, Eckerle I. Innovation (Camb). 2022 Jun 23;3(4):100273.
A SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) variant outbreak in a primary school in Geneva, Switzerland. Lorthe E, Bellon M, Berthelot J, Michielin G, L'Huillier AG, Posfay-Barbe KM, Azman AS, Guessous I, Maerkl SJ, Eckerle I, Stringhini S; SEROCoV-Schools Study Group. Lancet Infect Dis. 2022 Jun;22(6):767-768.
Epidemiological, virological and serological investigation of a SARS-CoV-2 outbreak (Alpha variant) in a primary school: A prospective longitudinal study. Lorthe E, Bellon M, Michielin G, Berthelot J, Zaballa ME, Pennacchio F, Bekliz M, Laubscher F, Arefi F, Perez-Saez J, Azman AS, L'Huillier AG, Posfay-Barbe KM, Kaiser L, Guessous I, Maerkl SJ, Eckerle I, Stringhini S; SEROCoV-Schools Study Group. PLoS One. 2022 Aug 17;17(8)
Analytical Sensitivity of Eight Different SARS-CoV-2 Antigen-Detecting Rapid Tests for Omicron-BA.1 Variant. Bekliz M, Adea K, Puhach O, Perez-Rodriguez F, Marques Melancia S, Baggio S, Corvaglia AR, Jacquerioz F, Alvarez C, Essaidi-Laziosi M, Escadafal C, Kaiser L, Eckerle I. Microbiol Spectr. 2022 Aug 31;10(4):e0085322.
Enhanced fitness of SARS-CoV-2 variant of concern Alpha but not Beta. Ulrich L, Halwe NJ, Taddeo A, Ebert N, Schön J, Devisme C, Trüeb BS, Hoffmann B, Wider M, Fan X, Bekliz M, Essaidi-Laziosi M, Schmidt ML, Niemeyer D, Corman VM, Kraft A, Godel A, Laloli L, Kelly JN, Calderon BM, Breithaupt A, Wylezich C, Veiga IB, Gultom M, Osman S, Zhou B, Adea K, Meyer B, Eberhardt C, Thomann L, Gsell M, Labroussaa F, Jores J, Summerfield A, Drosten C, Eckerle I, Wentworth DE, Dijkman R, Hoffmann D, Thiel V, Beer M, Benarafa C. Nature. 2021 Dec 22. doi: 10.1038/s41586-021-04342-0.
Estimating clinical SARS-CoV-2 infectiousness in Vero E6 and primary airway epithelial cells. Essaidi-Laziosi M, Perez Rodriguez FJ, Hulo N, Jacquerioz F, Kaiser L, Eckerle I. Lancet Microbe. 2021 Nov;2(11):e571. doi: 10.1016/S2666-5247(21)00216-0.
SARS-CoV-2 antigen-detecting rapid tests for the delta variant. Bekliz M, Adea K, Essaidi-Laziosi M, Sacks JA, Escadafal C, Kaiser L, Eckerle I. Lancet Microbe. 2021 Nov 24. doi: 10.1016/S2666-5247(21)00302-5
Sequential infections with rhinovirus and influenza modulate the replicative capacity of SARS-CoV-2 in the upper respiratory tract. Essaidi-Laziosi M, Alvarez C, Puhach O, Sattonnet-Roche P, Torriani G, Tapparel C, Kaiser L, Eckerle I. Emerg Microbes Infect. 2021 Dec 21:1-26. doi: 10.1080/22221751.2021.2021806.
SARS-CoV-2 rapid diagnostic tests for emerging variants. Bekliz M, Adea K, Essaidi-Laziosi M, Sacks JA, Escadafal C, Kaiser L, Eckerle I. Lancet Microbe. 2021 Aug;2(8):e351. doi: 10.1016/S2666-5247(21)00147-6.
A high-throughput microfluidic nanoimmunoassay for detecting anti-SARS-CoV-2 antibodies in serum or ultralow-volume blood samples. Swank Z, Michielin G, Yip HM, Cohen P, Andrey DO, Vuilleumier N, Kaiser L, Eckerle I, Meyer B, Maerkl SJ. PNAS. 2021
Daily Viral Kinetics and Innate and Adaptive Immune Response Assessment in COVID-19: a Case Series.Vetter P, Eberhardt CS, Meyer B, Martinez Murillo PA, Torriani G, Pigny F, Lemeille S, Cordey S, Laubscher F, Vu DL, Calame A, Schibler M, Jacquerioz F, Blanchard-Rohner G, Siegrist CA, Kaiser L, Didierlaurent AM, Eckerle I. mSphere. 2020 Nov 11;5(6):e00827-20. doi: 10.1128/mSphere.00827-20.
Scientific consensus on the COVID-19 pandemic: we need to act now. Alwan NA, Burgess RA, Ashworth S, Beale R, Bhadelia N, Bogaert D, Dowd J, Eckerle I, Goldman LR, Greenhalgh T, Gurdasani D, Hamdy A, Hanage WP, Hodcroft EB, Hyde Z, Kellam P, Kelly-Irving M, Krammer F, Lipsitch M, McNally A, McKee M, Nouri A, Pimenta D, Priesemann V, Rutter H, Silver J, Sridhar D, Swanton C, Walensky RP, Yamey G, Ziauddeen H. Lancet. 2020 Oct 31;396(10260):e71-e72. doi: 10.1016/S0140-6736(20)32153-X.
SARS-CoV-2 viral load in the upper respiratory tract of children and adults with early acute COVID-19. Baggio S, L'Huillier AG, Yerly S, Bellon M, Wagner N, Rohr M, Huttner A, Blanchard-Rohner G, Loevy N, Kaiser L, Jacquerioz F, Eckerle I. Clin Infect Dis. 2020 Aug 6:ciaa1157. doi: 10.1093/cid/ciaa1157.
SARS-CoV-2 seroprevalence in COVID-19 hotspots. Eckerle I, Meyer B. Lancet. 2020 Aug 22;396(10250):514-515. doi: 10.1016/S0140-6736(20)31482-3.
Validation of a commercially available SARS-CoV-2 serological immunoassay. Meyer B, Torriani G, Yerly S, Mazza L, Calame A, Arm-Vernez I, Zimmer G, Agoritsas T, Stirnemann J, Spechbach H, Guessous I, Stringhini S, Pugin J, Roux-Lombard P, Fontao L, Siegrist CA, Eckerle I, Vuilleumier N, Kaiser L; Geneva Center for Emerging Viral Diseases. Clin Microbiol Infect. 2020 Oct;26(10):1386-1394. doi: 10.1016/j.cmi.2020.06.024.
Culture-Competent SARS-CoV-2 in Nasopharynx of Symptomatic Neonates, Children, and Adolescents. L'Huillier AG, Torriani G, Pigny F, Kaiser L, Eckerle I. Emerg Infect Dis. 2020 Oct;26(10):2494-2497. doi: 10.3201/eid2610.202403.
Seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies in Geneva, Switzerland (SEROCoV-POP): a population-based study. Stringhini S, Wisniak A, Piumatti G, Azman AS, Lauer SA, Baysson H, De Ridder D, Petrovic D, Schrempft S, Marcus K, Yerly S, Arm Vernez I, Keiser O, Hurst S, Posfay-Barbe KM, Trono D, Pittet D, Gétaz L, Chappuis F, Eckerle I, Vuilleumier N, Meyer B, Flahault A, Kaiser L, Guessous I. Lancet. 2020 Aug 1;396(10247):313-319. doi: 10.1016/S0140-6736(20)31304-0.