Antoine Flahault est docteur en médecine, ancien interne des hôpitaux de Paris, et titulaire d’un PhD en biomathématiques. Nommé professeur de santé publique en 2002, il fonde à Rennes l’Ecole des hautes études en santé publique (EHESP) qu’il dirige de 2007 à 2012. Il a également été co-directeur du Centre Virchow-Villermé de Santé publique Paris-Berlin, co-directeur de l’Alliance académique européenne pour la santé globale, et président de l’Agence européenne d’accréditation des formations en santé publique. 

Spécialiste en modélisation mathématique des épidémies, Antoine Flahault a dirigé le centre collaborateur de l’OMS pour la surveillance électronique des maladies, a coordonné les recherches sur le chikungunya dans l’Océan Indien (Prix Inserm 2006), et a été commissaire scientifique de l’exposition Epidemik à la Cité des Sciences et de l’Industrie (Paris, Rio et Sao Paulo). Il est membre du directoire de la Swiss School of Public Health (SSPH+) depuis 2019 à Zurich, et membre de l’Académie suisse des sciences médicales depuis 2023.

Nommé en 2014 professeur ordinaire hospitalo-universitaire à la Faculté de médecine de l’UNIGE il met en place et dirige l’Institut de santé globale (Département de santé et médecine communautaires), et au Service de médecine tropicale et humanitaire des HUG, où il a co-présidé le Geneva Health Forum, l'une des plus importantes conférences sur la santé mondiale qui réunit chaque année, en marge de l’Assemblée mondiale de la santé, des représentant-es des milieux académique, scientifique, politique, et industriel, de même que des bailleurs de fonds et des professionnelles et professionnels de terrain. Il est nommé professeur honoraire en octobre 2025.

Antoine Flahault est également très engagé dans la vulgarisation scientifique et dans la communication au grand public, notamment pendant la pandémie de Covid-19. Il a notamment publié « Covid, le bal masqué » en 2021, et « Prévenez-moi ! Une meilleure santé à tout âge » en 2024.