Margitta Seeck effectue ses études de médecine à l'Université Ludwigs-Maximilians de Munich, où elle obtient un diplôme, puis un doctorat en médecine. Elle effectue ensuite des séjours post-doctoraux à Berlin et à l’Université de Harvard afin d’approfondir ses connaissances en neurophysiologie et épileptologie puis rejoint les HUG. Depuis 1995, elle dirige le programme d'épilepsie pré-chirurgicale Genève-Lausanne, un centre de référence national et international pour les épilepsies difficiles à traiter chez les adultes et les enfants, et est la responsable de l’Unité d'exploration de l'épilepsie et EEG du Service de neurologie des HUG.

Sur le plan de la recherche, elle travaille essentiellement sur l’analyse et la localisation des signaux électriques cérébraux, l’évaluation chirurgicale de l'épilepsie, la sémiologie des crises et les phénomènes liés à l'épilepsie cognitive, l'imagerie de l'épilepsie et la neurologie des premières crises. Experte pour la Fondation suisse et d'autres fondations scientifiques nationales, et ancienne présidente de la Société suisse de neurophysiologie, elle participe activement aux activités d'enseignement de la Société suisse de neurophysiologie. En 2018, elle a été la première femme à recevoir le prestigieux Prix Berger en épileptologie et neurophysiologie clinique, remis par la Fédération internationale de neurophysiologie clinique (IFCN). Ce prix, remis tous les quatre ans, récompense l’ensemble des recherches qu’elle mène depuis 20 ans dans le domaine de l’épilepsie et l’électroencéphalogramme.  Elle est en outre membre du Comité exécutif de l’International Federation of Clinical Neurophysiology (IFCN) et membre des différentes tasks forces de l’European Academy of Neurology (EAN). Nommée en 2005 professeure associée au Département des neurosciences cliniques de la Faculté de médecine de l’UNIGE, elle est promue à la fonction de professeure ordinaire en 2015 puis nommée professeure honoraire en octobre 2025.