Isabella Eckerle, le virus de l’utile

Spécialiste des coronavirus, la chercheuse dirige depuis 2024 le Centre des maladies virales émergentes. En collaboration avec de nombreux acteurs de la santé mondiaux ou nationaux, elle s’efforce d’anticiper la prochaine pandémie.

L’envie d’être utile: voilà le credo qui semble, de tout temps, avoir guidé la trajectoire d’Isabella Eckerle. Directrice du Centre des maladies virales émergentes conjoint à l’Université et aux Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) depuis le 1^er mai 2024, la chercheuse d’origine allemande s’est spécialisée dans la lutte contre les maladies infectieuses issues du monde animal et en particulier des coronavirus bien avant que la pandémie de 2019 n’affole la planète. Parce qu’après avoir découvert lors d’un voyage les ravages causés par ces zoonoses sur les populations humaines d’Afrique, le besoin d’agir s’est imposé comme une évidence. Cette même nécessité impérieuse a poussé la virologue et son équipe à travailler d’arrache-pied dès le début du mois de janvier 2020 pour mettre au point le premier test PCR disponible à Genève pour identifier les personnes infectées par le SARS-CoV-2, puis à multiplier les études en vue de mieux comprendre la propagation de la maladie. Une volonté encore intacte aujourd’hui qui la pousse désormais à rechercher des parades aux nouvelles menaces que représentent la variole du singe ou l’hépatite E, tout en s’efforçant d’anticiper au mieux l’arrivée – inéluctable – d’un nouvel agent pathogène. Portrait.

Isabella Eckerle a grandi à Dudenhofen, un petit village du land de Rhénanie-Palatinat situé à 2 kilomètres de la ville de Spire, connue pour sa cathédrale emblématique de l’art du Saint-Empire romain germanique et où sont enterrés huit rois et empereurs allemands. 
Fille unique d’une employée d’assurance et d’un fiscaliste qui n’ont jamais connu les bancs de l’université, elle hésite longtemps sur la direction à donner à son avenir. Elle se sent une attirance pour l’écriture et les arts ainsi que pour le journalisme. Mais elle aime aussi beaucoup la biologie.

«Mes grands-parents possédaient une petite ferme et quelques champs, où ils cultivaient des fruits et des légumes pour les vendre au marché, rembobine la chercheuse. Ils avaient aussi quelques animaux et c’est un endroit où j’adorais passer du temps. Je me promenais dans la nature, je collectais de petits animaux et des insectes et j’ai récemment retrouvé un herbier que j’avais constitué à l’époque.»

Maturité en poche, Isabella Eckerle s’oriente pourtant d’abord vers les sciences de l’information et de la communication, avant de lâcher l’affaire au bout d’un semestre. «Je me suis rapidement aperçue que je n’étais pas faite pour ça et que j’avais besoin de m’engager dans une activité plus concrète, précise-t-elle. J’ai donc opté pour la médecine, une formation large qui me permettrait de faire beaucoup de choses différentes, y compris de revenir au journalisme si l’envie s’en faisait sentir un jour.»

Ce ne sera pas le cas. Mettant un accent important sur la recherche, le cursus proposé par l’Université de Heidelberg répond en effet pleinement à ses aspirations, la jeune étudiante appréciant tout particulièrement la possibilité de mener des expériences dont elle est la première à découvrir les résultats. Elle ira donc jusqu’au doctorat, qu’elle réalise au sein du Centre allemand de recherche sur le cancer de l’Université de Heidelberg (DKFZ).

C’est durant sa dernière année d’études qu’intervient le fameux séjour en Afrique. Pour la jeune femme qui n’a guère eu l’opportunité de voyager jusque-là, ce périple en Tanzanie et au Kenya est certes l’occasion de gravir le Kilimandjaro et d’effectuer un safari, mais aussi de sentir un véritable déclic. «Pour la première fois, je pouvais constater de mes propres yeux les liens qui existent entre les pathologies humaines et l’environnement, restitue-t-elle. Et je me suis rendu compte que cette problématique concentrait tous mes centres d’intérêt: la médecine, la nature et le monde animal.»

Comme il n’existe pas à l’époque de formation spécifique sur les maladies infectieuses en Allemagne, elle se tourne vers la médecine interne après un passage au service de médecine tropicale clinique du Centre d’infectiologie de Heidelberg. Un virage qui ne lui apporte guère de satisfaction. «Il y avait beaucoup de travail administratif à accomplir et peu de temps disponible pour les patients, concède-t-elle. Et je n’avais pas fait toutes ces études pour me retrouver à remplir des formulaires dans un petit bureau. Ce que je voulais, c’était faire de la recherche afin de mieux comprendre le fonctionnement des agents pathogènes.»

Mais la chance sourit parfois aux obstinés. Dans le cadre d’un colloque médical, Isabella Eckerle tombe en effet un peu par hasard sur une conférence donnée par un jeune professeur nommé Christian Drosten qui s’est fait une spécialité des virus transmis par les chauves-souris. Emballée, elle décide dans la foulée de lui faire part de son désir de travailler à ses côtés. Las, le professeur ne dispose d’aucun poste de libre dans son service. N’ayant pas l’intention de lâcher son os si facilement, Isabella Eckerle insiste tant et si bien qu’elle finit par décrocher l’objet de ses convoitises. 

Elle restera près de six ans auprès de son mentor au sein de l’Institut de virologie de l’Hôpital universitaire de Bonn. Le temps de se construire un réseau, de perfectionner ses connaissances sur la grande famille des coronavirus et de mener quelques recherches de terrain, principalement en Afrique. Une période dont elle garde aujourd’hui encore d’excellents souvenirs.

«À l’époque, même s’il y avait déjà eu une épidémie de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) entre 2002 et 2004 en Chine, le sujet n’était pas très populaire, même chez les virologues, précise-t-elle. Mais, de mon côté, j’étais passionnée par ce que nous faisions. Nous travaillions beaucoup et quand quelque chose de nouveau arrivait nous passions des nuits à développer de nouveaux tests. L’ambiance était géniale. Personne dans le groupe n’avait plus de 40 ans et nous partagions aussi de nombreux moments de détente lors de fêtes ou de barbecues organisés dans le jardin de l’Institut.»

Cette période dorée est notamment marquée par l’arrivée sur la scène internationale du MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient), dont la première transmission à l’homme est identifiée en 2012 en Arabie saoudite. Comme s’en apercevra bientôt l’équipe du professeur Drosten, le virus responsable de la maladie, qui fait également partie de la famille des coronavirus, est en fait présent au Moyen-Orient depuis au moins une quarantaine d’années même s’il est longtemps resté impossible à diagnostiquer.

«Plusieurs facteurs expliquent pourquoi la circulation de ce virus reste pour l’instant limitée, complète Isabella Eckerle. Les infections dues au MERS proviennent en effet essentiellement des dromadaires et elles ne se propagent pas d’être humain à être humain, ce qui fait qu’elles sont relativement circonscrites. Par ailleurs, le MERS – comme le SRAS – se réplique dans les poumons et non dans les voies respiratoires supérieures, ce qui abaisse le risque de contamination. Enfin, les personnes atteintes sont assez gravement malades avant le pic de réplication, ce qui permet de les repérer et de les isoler.»

Pour de nombreux spécialistes, il semble toutefois clair que les choses finiront tôt au tard par prendre une tournure plus sévère. C’est notamment le cas de Laurent Kaiser, à la tête du Centre des maladies virales émergentes créé en 2016 par les HUG et l’UNIGE. Le professeur genevois cherche alors à étoffer son équipe avec un collaborateur ou une collaboratrice capable de combiner la médecine et le diagnostic avec la recherche sur les nouveaux virus. 

«Au même moment, Christian Drosten quittait Bonn pour Berlin et il m’a proposé de le suivre, reconstitue Isabella Eckerle. Mais, après six ans de collaboration, j’avais l’impression qu’il était temps de passer à autre chose. Lorsque j’ai appris l’ouverture du poste à Genève, j’ai sauté sur l’occasion pour soumettre ma candidature. Le jour de mon anniversaire, je suis venue me présenter et le soir même, j’ai reçu une réponse positive.»

La logique scientifique aurait alors voulu qu’Isabella Eckerle se tourne vers un nouveau sujet de recherche et qu’elle abandonne donc ses travaux sur les coronavirus. Mais l’histoire en a décidé autrement. La chercheuse a en effet à peine le temps d’installer son laboratoire et de constituer son équipe que des nouvelles alarmantes arrivent de Chine. 

«La première fois que j’ai entendu parler du SARS-CoV-2, se souvient la chercheuse, c’était juste après le réveillon du 1er janvier 2020. Nous nous sommes tout de suite mis au travail en vue de mettre au point dans les plus brefs délais un test de diagnostic. Nous l’avons réalisé en une quinzaine de jours. Quand le premier cas a été identifié en Suisse, fin février, nous étions prêts.»

Ce qui n’empêchera pas Isabella Eckerle et son équipe d’être pris dans un véritable maelström. Le laboratoire de virologie des HUG étant le seul du pays à disposer de tests fiables, les échantillons arrivent chaque matin par sacs Migros entiers sous escorte policière. Comme il faut faire vite et que le travail se fait à la main, tout le monde retrousse ses manches, ne comptant ses heures ni en semaine ni le week-end. «On manquait à peu près de tout en termes de matériel, raconte la scientifique. Ce genre de perturbations est courant dans les pays à faible revenu. Je n’aurais jamais imaginé qu’une telle situation puisse se produire aussi en Suisse.»

En cultivant le virus en laboratoire, Isabella Eckerle comprend vite que sa faculté à se multiplier à partir de prélèvements effectués dans les voies respiratoires supérieures n’augure rien de bon.

Et pour ne rien arranger, on découvrira dès l’année suivante que le virus possède une singulière aptitude à la mutation. «Les nouveaux variants avaient la fâcheuse tendance à se manifester durant la période de Noël, restitue Isabella Eckerle. Je me souviens que lorsque le premier – Alpha – a été identifié, ma famille était en train de déballer les cadeaux dans le salon pendant que j’étais derrière mon ordinateur pour une séance avec l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) afin de déterminer ce qu’on pouvait faire. Et l’année suivante, alors que nous pensions que le virus avait testé toutes les mutations possibles, voilà que débarque Omicron avec une trentaine de nouvelles variations.»

Malgré l’intensité de la charge de travail et l’obligation de résultat, Isabella Eckerle et son équipe ne songent cependant jamais à lever le pied avant que les choses reviennent un tant soit peu à la normale. «Pour la première fois dans ma carrière, les données que nous publiions avaient un impact direct sur la santé publique, justifie-t-elle. Ce qui fait que nous avions le sentiment d’être réellement utiles.»

Devenu un interlocuteur incontournable pour l’OFSP dès les premières heures de la pandémie au travers de l’expertise d’Isabella Eckerle, le Centre des maladies virales émergentes fait aujourd’hui également partie du cluster Santé publique du Réseau national de conseil scientifique. Il compte par ailleurs parmi les centres collaborateurs de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et a rejoint le réseau CoVINET, qui regroupe une trentaine de laboratoires internationaux spécialisés dans la recherche sur le coronavirus. Le tout, en collaborant étroitement avec la Foundation for Innovative New Diagnostics. «Maintenant que le plus dur semble derrière nous», explique Isabella Eckerle qui a repris la direction du Centre après le départ de Laurent Kaiser, «une bonne partie du travail consiste à gérer l’espèce de soupe de variants qui circulent au sein des populations, en s’efforçant de réagir aussi vite que possible en cas de remontée brutale des contaminations. Il s’agit également d’anticiper autant que faire se peut l’éventuelle arrivée d’un nouveau trouble-fête en échafaudant divers scénarios.»

Ce qui lui laisse un peu de temps pour se consacrer à d’autres sujets. À commencer par la variole du singe (mpox) qui continue à causer de sévères dommages, notamment en République démocratique du Congo. L’idée consiste à évaluer différents tests disponibles dans le commerce ou à un stade avancé de développement afin de vérifier s’ils détectent bien les différentes souches virales. «Dans le cas des tests rapides, cela n’est possible qu’à partir du virus cultivé, ce qui implique de recourir à notre laboratoire de haute sécurité, complète Isabella Eckerle. Et cela demande beaucoup de travail, si bien que presque personne d’autre ne le fait.»

Dans le même ordre d’idées, Isabella Eckerle et son équipe se sont récemment intéressés à l’hépatite E. En étroite collaboration avec Médecins sans frontières, les scientifiques genevois mènent un projet pilote dans un camp de réfugiés au Soudan du Sud pour tenter d’endiguer les ravages de ce virus particulièrement dangereux pour les femmes enceintes. «Les données sur ce génotype du virus de l’hépatite E sont encore très rares, note Isabella Eckerle. Ce qui fait que la moindre avancée dans ce domaine est susceptible d’avoir un impact considérable.»

Last but not least, en collaboration avec le Centre de vaccinologie des HUG, les équipes du Centre des maladies virales émergentes planchent sur l’immunologie des muqueuses en vue de rassembler les connaissances nécessaires au développement de vaccins sous forme de sprays. Lesquels permettraient de ralentir considérablement la transmission en cas de pic épidémique. «Même si les vaccins traditionnels resteront indispensables pour traiter les cas les plus graves, un tel outil s’avérerait précieux pour éviter la propagation d’un éventuel nouveau virus», conclut la spécialiste.

Vincent Monnet